More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3568 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 349 aa  684    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0159805 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0408  transcriptional regulator, LacI family  40.18 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3529  transcriptional regulator, LacI family  39.36 
 
 		 333 aa  215  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11680  transcriptional regulator  41.06 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07020  transcriptional regulator, LacI family  38.94 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0201  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 342 aa  196  7e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0642992 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1545  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  37.61 
 
 		 352 aa  194  3e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0174364  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1520  transcriptional regulator, LacI family  39.07 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  36.2 
 
 		 347 aa  189  5.999999999999999e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03100  transcriptional regulator, LacI family  39.23 
 
 		 345 aa  189  5.999999999999999e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0219145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0892  transcriptional regulator, LacI family  37.94 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.774645  normal  0.081922 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1926  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 		 344 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0925  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  36.34 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.197996  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1802  transcriptional regulator, LacI family  34.72 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.328257 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4321  transcriptional regulator, LacI family  34.4 
 
 		 348 aa  183  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794794  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2783  transcriptional regulator, LacI family  37.09 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.990629  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 381 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1087  transcriptional regulator, LacI family  38.29 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.978331 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1300  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  35.35 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1537  LacI family response repressor  34.55 
 
 		 385 aa  177  2e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2486  ribose operon repressor RbsR  35.61 
 
 		 331 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008295 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  35.96 
 
 		 341 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  36.5 
 
 		 465 aa  173  5e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0775  Alanine racemase  39.76 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.212824  hitchhiker  0.00169568 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1338  LacI family response repressor  34.31 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1871  transcriptional regulator, LacI family  35.94 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2877  transcriptional regulator, LacI family  33.91 
 
 		 372 aa  169  7e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0137169 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0228  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 334 aa  169  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2262  transcriptional regulator, LacI family  36.21 
 
 		 336 aa  165  8e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.638644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0362  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 337 aa  166  8e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0014  transcriptional regulator, LacI family  38.64 
 
 		 344 aa  163  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3167  transcriptional regulator, LacI family  39.06 
 
 		 357 aa  160  4e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0967324 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0056  transcriptional regulator, LacI family  37.65 
 
 		 335 aa  159  6e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal  0.249866 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0385  transcriptional regulator, LacI family  35.12 
 
 		 334 aa  159  9e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1740  RbsR family transcriptional regulator/ribose operon repressor  29.38 
 
 		 347 aa  156  6e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.214508  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  34.81 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29360  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 359 aa  149  9e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.95 
 
 		 333 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29310  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1403  LacI family response repressor  30.62 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.66 
 
 		 353 aa  143  6e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02810  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  27.14 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.46 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.96 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.82 
 
 		 325 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  28.9 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  31.67 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.07 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  33.91 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.88 
 
 		 338 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  24.85 
 
 		 346 aa  132  6e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.71 
 
 		 338 aa  132  6e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02800  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 341 aa  132  9e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.88 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  30.46 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.05 
 
 		 346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.05 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.98 
 
 		 330 aa  130  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  25.67 
 
 		 332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1038  Alanine racemase  34.21 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.255953  normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  31.93 
 
 		 359 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.01 
 
 		 337 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  25.82 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 346 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  25.37 
 
 		 332 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  26.79 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000600  sucrose operon repressor ScrR LacI family  29.5 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0144892  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  31.71 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 		 386 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  31.71 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  27.48 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  30.99 
 
 		 338 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  31.55 
 
 		 347 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  30.9 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 343 aa  126  5e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.16 
 
 		 340 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  26.41 
 
 		 325 aa  126  7e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.2 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  26.63 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.91 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  26.04 
 
 		 341 aa  125  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1004  LacI family response repressor  30.41 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.43 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  29.21 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 361 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  27.14 
 
 		 341 aa  123  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  26.81 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.14 
 
 		 341 aa  123  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>