More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3227 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 362 aa  730    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  46.4 
 
 		 384 aa  311  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  46.92 
 
 		 352 aa  308  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3238  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.69 
 
 		 358 aa  285  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  48.25 
 
 		 355 aa  283  3.0000000000000004e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  39.41 
 
 		 353 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  37.25 
 
 		 382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.88 
 
 		 348 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  36.02 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  39.09 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.38 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.96 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  37.93 
 
 		 343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.36 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.34 
 
 		 330 aa  187  3e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  37.03 
 
 		 338 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  37.06 
 
 		 338 aa  185  9e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.76 
 
 		 333 aa  182  6e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  37.17 
 
 		 340 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3659  transcriptional regulator, LacI family  38.07 
 
 		 343 aa  182  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  38.42 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  36.92 
 
 		 339 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  38.17 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.07 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.15 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.52 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  36.09 
 
 		 341 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3330  transcriptional regulator, LacI family  37.77 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  0.198785 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 341 aa  181  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.94 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  37.35 
 
 		 340 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 		 340 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.8 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.7 
 
 		 353 aa  179  5.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1434  transcriptional regulator, LacI family  37.16 
 
 		 338 aa  179  8e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.98 
 
 		 337 aa  179  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5075  transcriptional regulator, LacI family  37.43 
 
 		 350 aa  179  9e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  37.28 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.16 
 
 		 334 aa  178  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  38.42 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  38.42 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  35.61 
 
 		 337 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.27 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.53 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 338 aa  176  6e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.72 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.72 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.72 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  37.43 
 
 		 357 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 333 aa  176  7e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  35.21 
 
 		 341 aa  176  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  33.72 
 
 		 338 aa  176  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  37.94 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  37.94 
 
 		 343 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 348 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.85 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  33.82 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  37.94 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  37.94 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.42 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  35.99 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.42 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.06 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.47 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.42 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.55 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 342 aa  173  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 		 328 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 342 aa  172  6.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  33.7 
 
 		 366 aa  172  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.31 
 
 		 340 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  32.84 
 
 		 333 aa  171  1e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  37.25 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.31 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.02 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>