More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4158 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4158  alanine racemase  100 
 
 		 416 aa  839    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3623  transcriptional regulator, LacI family  72.35 
 
 		 354 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3911  transcriptional regulator, LacI family  74.06 
 
 		 325 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.363783 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6529  transcriptional regulator, LacI family  58.77 
 
 		 338 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0128002 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2147  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.13 
 
 		 340 aa  393  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2830  transcriptional regulator, LacI family  44.74 
 
 		 344 aa  271  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 340 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4990  transcriptional regulator, LacI family  45.35 
 
 		 342 aa  251  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.65 
 
 		 333 aa  248  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1474  transcriptional regulator, LacI family  42.25 
 
 		 345 aa  231  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0913  transcriptional regulator, LacI family  38.15 
 
 		 335 aa  179  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.73 
 
 		 337 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 329 aa  167  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.66 
 
 		 334 aa  166  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.84 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 340 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  30.93 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 336 aa  160  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  33.23 
 
 		 340 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.67 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 340 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 337 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 349 aa  156  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.63 
 
 		 335 aa  155  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 351 aa  154  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.21 
 
 		 330 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 343 aa  153  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 342 aa  153  7e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  35.53 
 
 		 339 aa  152  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 343 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.71 
 
 		 353 aa  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 		 348 aa  150  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  26.52 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 		 343 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.42 
 
 		 331 aa  150  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 340 aa  149  7e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 338 aa  149  7e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 335 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  31.83 
 
 		 338 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.36 
 
 		 335 aa  149  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.21 
 
 		 331 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 358 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 348 aa  148  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  31.52 
 
 		 343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  31.52 
 
 		 343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  33.91 
 
 		 334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.09 
 
 		 336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.4 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.62 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 340 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  30.4 
 
 		 323 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  30.4 
 
 		 323 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0372  transcriptional regulator, LacI family  34.65 
 
 		 325 aa  147  5e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 323 aa  146  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.63 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  30.09 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  30.18 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 348 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  33.74 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0081  transcriptional regulator, LacI family  31.38 
 
 		 327 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  32.04 
 
 		 358 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 331 aa  145  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.73 
 
 		 332 aa  145  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  30.95 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.1 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  29.67 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  31.53 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  29.84 
 
 		 333 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  32.02 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  32.02 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  32.02 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 346 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  29.88 
 
 		 323 aa  144  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  29.79 
 
 		 323 aa  144  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  29.79 
 
 		 323 aa  144  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.4 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  29.79 
 
 		 323 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  29.25 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.96 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  28.96 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 		 391 aa  143  5e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 366 aa  143  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.03 
 
 		 335 aa  143  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  31.82 
 
 		 343 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>