More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1943 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 347 aa  664    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  57.61 
 
 		 342 aa  340  2e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  52.08 
 
 		 339 aa  308  6.999999999999999e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  51.5 
 
 		 357 aa  293  4e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  49.4 
 
 		 338 aa  275  7e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  48.51 
 
 		 339 aa  272  7e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3308  LacI family transcription regulator  46.38 
 
 		 346 aa  270  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6927  LacI family transcription regulator  49.56 
 
 		 345 aa  269  5e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2719  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  46.43 
 
 		 337 aa  267  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0694395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  45.1 
 
 		 337 aa  263  3e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3698  transcriptional regulator, LacI family  47.43 
 
 		 337 aa  258  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.375251  normal  0.395947 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.34 
 
 		 333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0426  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  47.21 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4388  LacI family transcription regulator  48.19 
 
 		 329 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4475  LacI family transcription regulator  48.19 
 
 		 329 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4769  LacI family transcription regulator  48.19 
 
 		 329 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  46.78 
 
 		 376 aa  243  3e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  45.1 
 
 		 354 aa  240  2e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  42.98 
 
 		 351 aa  237  3e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  44.51 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29660  transcriptional regulator, LacI family  44.94 
 
 		 336 aa  225  9e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2867  transcriptional regulator, LacI family  44.71 
 
 		 336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0458283 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05790  transcriptional regulator  42.77 
 
 		 347 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  42.31 
 
 		 347 aa  214  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2305  transcriptional regulator, LacI family  40.95 
 
 		 349 aa  209  6e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 350 aa  196  6e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28330  transcriptional regulator  41.09 
 
 		 382 aa  192  8e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.52 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 346 aa  190  4e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.72 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  39.63 
 
 		 349 aa  189  5.999999999999999e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 347 aa  185  9e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.12 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.61 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 		 338 aa  183  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  35.74 
 
 		 333 aa  183  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 342 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 342 aa  179  9e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  33.53 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 		 346 aa  175  8e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.23 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 340 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.33 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  38.9 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  33.03 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  33.63 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.73 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 340 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  33.73 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.02 
 
 		 330 aa  170  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 343 aa  170  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.21 
 
 		 336 aa  170  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  32.33 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  32.33 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.55 
 
 		 348 aa  169  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 332 aa  169  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 346 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 330 aa  169  9e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.13 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.02 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  33.13 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.43 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.65 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 357 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  35.36 
 
 		 337 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.74 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  33.23 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  31.71 
 
 		 333 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.83 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  36.02 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.33 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.45 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  34.71 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  32.16 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.67 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  32.53 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.84 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>