More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_05790 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_05790  transcriptional regulator  100 
 
 
347 aa  692    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  67.44 
 
 
338 aa  421  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  56.89 
 
 
347 aa  358  9.999999999999999e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  53.64 
 
 
354 aa  347  1e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  55 
 
 
376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2719  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  49.25 
 
 
337 aa  290  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0694395  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  49.4 
 
 
338 aa  284  2.0000000000000002e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  48.96 
 
 
357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  47.37 
 
 
339 aa  273  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  48.66 
 
 
339 aa  273  4.0000000000000004e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  45.88 
 
 
342 aa  270  2e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0426  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  48.5 
 
 
366 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  46.04 
 
 
351 aa  263  3e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4388  LacI family transcription regulator  47.08 
 
 
329 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4475  LacI family transcription regulator  47.08 
 
 
329 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4769  LacI family transcription regulator  47.08 
 
 
329 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3698  transcriptional regulator, LacI family  45.99 
 
 
337 aa  251  2e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.375251  normal  0.395947 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  44.97 
 
 
337 aa  248  1e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.94 
 
 
333 aa  245  6.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6927  LacI family transcription regulator  45.51 
 
 
345 aa  239  5e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3308  LacI family transcription regulator  43.57 
 
 
346 aa  239  5e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2305  transcriptional regulator, LacI family  44.61 
 
 
349 aa  238  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  41.19 
 
 
350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29660  transcriptional regulator, LacI family  43.92 
 
 
336 aa  225  8e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2867  transcriptional regulator, LacI family  43.4 
 
 
336 aa  223  4e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0458283 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28330  transcriptional regulator  40.63 
 
 
382 aa  215  9e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  42.77 
 
 
347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.31 
 
 
342 aa  205  1e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.99 
 
 
355 aa  194  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.45 
 
 
336 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 
347 aa  191  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  36.93 
 
 
349 aa  191  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 
340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  35.78 
 
 
331 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.27 
 
 
333 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  33.53 
 
 
334 aa  186  5e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  37.09 
 
 
357 aa  186  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  36.23 
 
 
346 aa  185  9e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  35.1 
 
 
333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.04 
 
 
334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  35.59 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 
340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.44 
 
 
331 aa  181  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  36.09 
 
 
349 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 
353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  31.74 
 
 
347 aa  179  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 
346 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 
334 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 
336 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 
335 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 
340 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.74 
 
 
347 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.43 
 
 
340 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  35.1 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  35.59 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  34.62 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  34.62 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  34.62 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  35.1 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  35.59 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.88 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.5 
 
 
346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  34.62 
 
 
330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.12 
 
 
333 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  35.82 
 
 
337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  34.32 
 
 
330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.48 
 
 
338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  34.02 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  35.29 
 
 
332 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.88 
 
 
335 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  33.04 
 
 
340 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  36.44 
 
 
348 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
332 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.14 
 
 
334 aa  172  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  34.62 
 
 
330 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 
339 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  34.62 
 
 
330 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.21 
 
 
346 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.3 
 
 
335 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  34.93 
 
 
339 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0466  transcriptional regulator, LacI family  34.49 
 
 
347 aa  170  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.450137  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 
348 aa  169  5e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4573  LacI family transcription regulator  35.96 
 
 
350 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119042 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.15 
 
 
337 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 
349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6160  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 
340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00050807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.05 
 
 
341 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.19 
 
 
338 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.13 
 
 
347 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  34.1 
 
 
341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 
326 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  32.76 
 
 
352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  32.54 
 
 
337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.45 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.53 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>