More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6927 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6927  LacI family transcription regulator  100 
 
 
345 aa  663    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  59.46 
 
 
339 aa  343  2e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  54.65 
 
 
338 aa  315  6e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  54.82 
 
 
357 aa  310  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.19 
 
 
333 aa  298  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  52.41 
 
 
339 aa  288  7e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  48.66 
 
 
337 aa  281  9e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  50 
 
 
376 aa  281  1e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3308  LacI family transcription regulator  49.41 
 
 
346 aa  278  1e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  48.66 
 
 
342 aa  276  3e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  49.56 
 
 
347 aa  260  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2719  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  50 
 
 
337 aa  258  9e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0694395  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3698  transcriptional regulator, LacI family  49.85 
 
 
337 aa  256  3e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.375251  normal  0.395947 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  45.18 
 
 
354 aa  253  4.0000000000000004e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4388  LacI family transcription regulator  48.45 
 
 
329 aa  252  6e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4475  LacI family transcription regulator  48.45 
 
 
329 aa  252  6e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4769  LacI family transcription regulator  48.45 
 
 
329 aa  252  6e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29660  transcriptional regulator, LacI family  46.61 
 
 
336 aa  245  9.999999999999999e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  45.95 
 
 
347 aa  241  1e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05790  transcriptional regulator  45.51 
 
 
347 aa  239  5e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0426  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  49.55 
 
 
366 aa  237  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  44.67 
 
 
351 aa  236  6e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  47.32 
 
 
338 aa  233  3e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2867  transcriptional regulator, LacI family  47.32 
 
 
336 aa  230  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0458283 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2305  transcriptional regulator, LacI family  43.75 
 
 
349 aa  202  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  44.18 
 
 
350 aa  202  7e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  38.71 
 
 
340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  32.05 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 
340 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  38.76 
 
 
346 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  37.61 
 
 
340 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28330  transcriptional regulator  39.04 
 
 
382 aa  193  4e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  37.17 
 
 
340 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  38.02 
 
 
337 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 
349 aa  189  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  36.94 
 
 
337 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.17 
 
 
347 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.93 
 
 
336 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 
353 aa  186  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.23 
 
 
334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.63 
 
 
346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.94 
 
 
334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.54 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  39.41 
 
 
357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.23 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.56 
 
 
338 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.63 
 
 
346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 
340 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 
342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 
332 aa  179  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  30.82 
 
 
331 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 
338 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 
336 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.54 
 
 
338 aa  177  3e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  37.5 
 
 
336 aa  176  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 
365 aa  176  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.63 
 
 
330 aa  175  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 
335 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.64 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 
355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  35.74 
 
 
346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.43 
 
 
343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  34.44 
 
 
328 aa  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 
349 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  33.92 
 
 
332 aa  172  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 
337 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 
334 aa  170  3e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.63 
 
 
342 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.85 
 
 
337 aa  169  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0466  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 
347 aa  169  7e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.450137  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.93 
 
 
333 aa  169  9e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  35.5 
 
 
338 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 
346 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 
349 aa  167  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.12 
 
 
339 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 
337 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  34.95 
 
 
359 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  33.53 
 
 
334 aa  166  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 
343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 
343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 
343 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 
352 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.72 
 
 
333 aa  166  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  35.01 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 
343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  28.18 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  33.62 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 
343 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 
348 aa  164  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 
346 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.87 
 
 
339 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 
323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.63 
 
 
335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.33 
 
 
352 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 
343 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 
343 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  37.06 
 
 
335 aa  162  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.67 
 
 
335 aa  162  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>