More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4172 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4172  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
312 aa  631  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000333211 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1348  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  90.1 
 
 
313 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.567327  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5595  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  90.73 
 
 
313 aa  566  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.47 
 
 
315 aa  445  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.940655  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0626  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  70.61 
 
 
313 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833097  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4965  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.97 
 
 
313 aa  441  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111268  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4445  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.97 
 
 
313 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000956374 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.93 
 
 
313 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3330  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  71.25 
 
 
313 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.740967  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5037  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  71.25 
 
 
313 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.680261  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1086  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  72.03 
 
 
313 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.199216 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3601  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.01 
 
 
313 aa  421  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0339388  normal  0.918722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3131  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  75 
 
 
314 aa  421  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00793964  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.77 
 
 
312 aa  399  9.999999999999999e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3216  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  65.26 
 
 
331 aa  360  2e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.990637  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.45 
 
 
326 aa  344  1e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02650  D-ribose-binding periplasmic protein  39.24 
 
 
357 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02611  hypothetical protein  39.24 
 
 
316 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.59 
 
 
320 aa  183  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2490  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.28 
 
 
340 aa  179  4.999999999999999e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2012  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.26 
 
 
356 aa  169  7e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0157  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  35.49 
 
 
329 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000969227  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.92 
 
 
329 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00856305  normal  0.0288368 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.66 
 
 
330 aa  151  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3227  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.15 
 
 
329 aa  149  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  32.87 
 
 
313 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  34.74 
 
 
329 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1853  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.25 
 
 
339 aa  136  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 
338 aa  136  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.93 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.94 
 
 
314 aa  133  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.64 
 
 
349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.24 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.64 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.478639 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6472  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 
315 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.555546  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6707  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 
315 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2634  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6313  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.55 
 
 
315 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.330305 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  31.48 
 
 
315 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.17 
 
 
343 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.37 
 
 
315 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2009  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.68 
 
 
325 aa  123  5e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.52 
 
 
313 aa  122  7e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.37 
 
 
315 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.19 
 
 
319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0293175  normal  0.309769 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  29.29 
 
 
364 aa  119  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5473  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 
315 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433436  normal  0.94425 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.54 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.3 
 
 
321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.98 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6094  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.32 
 
 
323 aa  112  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2854  putative secreted solute-binding lipoprotein  27.74 
 
 
324 aa  112  9e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7477  sugar ABC transporter  27.65 
 
 
345 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.99 
 
 
310 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0377359  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  31.42 
 
 
312 aa  106  4e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2251  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
320 aa  106  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.2 
 
 
318 aa  106  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.82 
 
 
324 aa  106  6e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.77 
 
 
311 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  25.42 
 
 
308 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  30.04 
 
 
322 aa  103  3e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.33 
 
 
345 aa  102  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  27.88 
 
 
307 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  27.46 
 
 
319 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.8 
 
 
319 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3971  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.182523  normal  0.0264597 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0343  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.87 
 
 
319 aa  98.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.158898  normal  0.129182 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.46 
 
 
315 aa  98.6  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.46 
 
 
316 aa  97.8  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.48 
 
 
330 aa  97.8  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  31.37 
 
 
300 aa  97.1  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4769  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.4 
 
 
296 aa  96.7  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674163  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2985  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.91 
 
 
336 aa  95.9  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126254  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.06 
 
 
326 aa  95.5  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.71 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1681  putative secreted solute-binding lipoprotein  29.69 
 
 
344 aa  95.1  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.156663  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  27.31 
 
 
292 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.97 
 
 
308 aa  94.4  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1366  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.95 
 
 
329 aa  93.6  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.450849  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  25.79 
 
 
289 aa  93.6  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.83 
 
 
301 aa  92.8  7e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  26.14 
 
 
292 aa  92.8  7e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  28.67 
 
 
313 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  28.72 
 
 
311 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  28.72 
 
 
311 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  28.72 
 
 
311 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  28.72 
 
 
311 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  25.28 
 
 
292 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.78 
 
 
338 aa  91.7  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  28.09 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.69 
 
 
314 aa  90.9  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  25.28 
 
 
292 aa  90.9  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.63 
 
 
322 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3603  putative ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  30 
 
 
342 aa  90.1  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.38 
 
 
331 aa  89.7  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  24.64 
 
 
294 aa  89.7  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.35 
 
 
302 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172259  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0686  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.05 
 
 
307 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.37 
 
 
318 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.02 
 
 
335 aa  89  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.1 
 
 
311 aa  89  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>