117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4139 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4139  SARP family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2653  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  30.91 
 
 		 572 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1512  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  30.61 
 
 		 561 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5465  SARP family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 775 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  31.85 
 
 		 1204 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  33.59 
 
 		 1083 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  32.42 
 
 		 1145 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  32.31 
 
 		 1097 aa  95.9  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3460  transcriptional activator domain-containing protein  31.56 
 
 		 1061 aa  93.2  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 1064 aa  93.2  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  31.37 
 
 		 1108 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  31.54 
 
 		 999 aa  89.7  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0699  transcriptional activator domain-containing protein  30.71 
 
 		 1094 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060152 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3523  transcriptional activator domain  29.17 
 
 		 1055 aa  87.4  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4345  transcriptional activator domain-containing protein  30.35 
 
 		 1095 aa  87  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663384 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3421  response regulator receiver and SARP domain protein  31.97 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0590  transcriptional activator domain protein  28.63 
 
 		 1163 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.422877 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1110  transcriptional activator domain-containing protein  27.8 
 
 		 1082 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  30.86 
 
 		 1126 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1835  SARP family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 343 aa  80.9  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.338537  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3287  transcriptional activator domain protein  32.27 
 
 		 1044 aa  80.5  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0920226  hitchhiker  0.00000903469 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3347  transcriptional activator domain-containing protein  32.65 
 
 		 1109 aa  79  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3681  SARP family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 1217 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.134161  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2768  SARP family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 1050 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 1190 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2003  transcriptional regulator, SARP family  31.18 
 
 		 867 aa  74.3  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.228987  hitchhiker  0.0000000440234 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3289  SARP family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 1116 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16943  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2832  transcriptional regulator, SARP family  29.73 
 
 		 1145 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2428  transcriptional regulator, SARP family  28.69 
 
 		 494 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2154  transcriptional activator domain protein  32.68 
 
 		 1139 aa  69.7  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0522112 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3806  SARP family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0119583  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4892  transcriptional activator domain-containing protein  29.2 
 
 		 597 aa  69.3  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.123982 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1930  transcriptional activator domain-containing protein  30.92 
 
 		 991 aa  68.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.816243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3364  transcriptional activator domain  30.28 
 
 		 1118 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3408  transcriptional activator domain protein  30.28 
 
 		 1118 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4928  transcriptional activator domain-containing protein  33.33 
 
 		 1075 aa  67.4  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.66885  normal  0.971064 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 1193 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2470  response regulator receiver and SARP domain protein  24.56 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  30.77 
 
 		 1029 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5030  transcriptional activator domain-containing protein  28.91 
 
 		 1056 aa  65.1  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.311949  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  31.98 
 
 		 1055 aa  63.5  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2896  response regulator receiver and SARP domain-containing protein  27.45 
 
 		 268 aa  62.4  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.264133 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  28.93 
 
 		 962 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  27.71 
 
 		 1067 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0253  response regulator receiver and SARP domain protein  28.21 
 
 		 661 aa  60.8  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.52601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  30.91 
 
 		 993 aa  60.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1046  transcriptional activator domain protein  30.43 
 
 		 1143 aa  60.1  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.203225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  32.4 
 
 		 1055 aa  59.3  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1222  transcriptional activator domain protein  29.33 
 
 		 1018 aa  58.9  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.983461  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  25.9 
 
 		 1111 aa  57.8  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  28.28 
 
 		 1010 aa  56.6  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0084  transcriptional activator domain  26.98 
 
 		 1071 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0284  transcriptional regulator, SARP family  28.84 
 
 		 689 aa  56.2  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1607  hypothetical protein  26.64 
 
 		 428 aa  55.8  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2581  transcriptional activator domain-containing protein  29.72 
 
 		 1183 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.808302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3098  transcriptional regulator, SARP family  32.3 
 
 		 926 aa  55.1  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0910  transcriptional activator domain-containing protein  30.94 
 
 		 1064 aa  53.9  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4962  transcriptional activator domain-containing protein  33.99 
 
 		 1018 aa  53.9  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0162607 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 636 aa  53.5  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0410  response regulator receiver and SARP domain protein  23.04 
 
 		 376 aa  53.5  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000633698  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  30 
 
 		 992 aa  53.9  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  31.71 
 
 		 1119 aa  53.1  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1211  transcriptional regulator, SARP family  28.79 
 
 		 378 aa  53.1  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.705954  normal  0.54501 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  31.05 
 
 		 1013 aa  52.4  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1771  hypothetical protein  26.95 
 
 		 215 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2258  SARP family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 647 aa  51.6  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0203775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1936  SARP family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000001485  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3099  transcriptional regulator, SARP family  29.55 
 
 		 910 aa  51.6  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  32.27 
 
 		 1092 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  27.34 
 
 		 1020 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1158  transcriptional regulator, SARP family  29.93 
 
 		 277 aa  50.8  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000016652 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0492  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 963 aa  50.4  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13144  transcriptional regulator  25.85 
 
 		 297 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.149221 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  27.52 
 
 		 1108 aa  50.1  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05450  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  27.78 
 
 		 907 aa  50.1  0.00005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  27.89 
 
 		 1093 aa  49.7  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0078  transcriptional activator domain-containing protein  27.1 
 
 		 914 aa  49.7  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.323405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1697  SARP family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 349 aa  49.7  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000546308  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1852  SARP family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 212 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.31253e-17  normal  0.969216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1015  SARP family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 1216 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1647  transcriptional regulator, SARP family  29 
 
 		 549 aa  48.9  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3827  transcriptional regulator domain-containing protein  28.64 
 
 		 1102 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0262799 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2412  transcriptional regulator, SARP family  33.77 
 
 		 370 aa  47.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0744334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  29.63 
 
 		 950 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2022  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 1161 aa  47  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.899246 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09000  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  24.22 
 
 		 831 aa  47  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178339 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 723 aa  46.6  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  26.64 
 
 		 713 aa  46.2  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11293  transcriptional regulatory protein embR  26.77 
 
 		 388 aa  45.4  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00670672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7193  transcriptional regulator, SARP family  39.34 
 
 		 641 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0854307  normal  0.06484 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2956  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  27.82 
 
 		 1339 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00898983  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  30.43 
 
 		 989 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  33.8 
 
 		 1025 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  27.95 
 
 		 935 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1815  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 1141 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114746 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1630  SARP family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 1089 aa  45.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1614  response regulator receiver and SARP domain protein  20.58 
 
 		 376 aa  44.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.401218  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6503  transcriptional regulator, SARP family  25.76 
 
 		 252 aa  44.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.287037  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3887  transcriptional regulator, SARP family  31.93 
 
 		 666 aa  44.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000943372  normal  0.402378 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22020  predicted ATPase  28.7 
 
 		 1131 aa  45.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>