255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2022 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2022  transcriptional regulator  100 
 
 		 1161 aa  2221    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.899246 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4657  transcriptional regulator, winged helix family  53.79 
 
 		 1076 aa  931    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1121  transcriptional regulator, winged helix family  58.49 
 
 		 1060 aa  966    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.225478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0394  transcriptional regulator, winged helix family  48.74 
 
 		 1049 aa  707    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6249  transcriptional regulator  72.39 
 
 		 1079 aa  1315    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3102  winged helix family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 1034 aa  743    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.306498  normal  0.034161 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22020  predicted ATPase  35.26 
 
 		 1131 aa  365  3e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1621  transcriptional activator domain protein  35.22 
 
 		 1064 aa  345  2.9999999999999997e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.77523  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1350  transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 1100 aa  287  9e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.564198  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  35.76 
 
 		 1066 aa  280  2e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  32.8 
 
 		 1058 aa  275  5.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  36.36 
 
 		 1092 aa  269  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  31.21 
 
 		 1050 aa  268  5e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 1042 aa  267  8.999999999999999e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  37.43 
 
 		 1058 aa  265  3e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  32.33 
 
 		 1043 aa  259  3e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  34.05 
 
 		 1049 aa  258  4e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  35.74 
 
 		 1102 aa  258  7e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  33.62 
 
 		 1087 aa  257  9e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  33.22 
 
 		 1125 aa  256  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  33.44 
 
 		 1093 aa  254  6e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  31.66 
 
 		 1097 aa  241  5.999999999999999e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  36.48 
 
 		 1110 aa  237  8e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  33.75 
 
 		 1100 aa  237  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  37.67 
 
 		 1056 aa  236  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4464  LuxR family transcriptional regulator  34.99 
 
 		 1082 aa  235  4.0000000000000004e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0122059 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  37.58 
 
 		 1017 aa  234  7.000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1038  ATPase-like protein  36.92 
 
 		 1036 aa  232  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.676249  normal  0.10477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  35.44 
 
 		 1103 aa  229  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4962  transcriptional activator domain-containing protein  37.41 
 
 		 1018 aa  224  9e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0162607 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  37.14 
 
 		 1072 aa  223  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 952 aa  217  9e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35430  predicted ATPase  32.03 
 
 		 1060 aa  214  4.9999999999999996e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 957 aa  214  5.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1245  transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 		 1158 aa  211  4e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  36.47 
 
 		 1055 aa  212  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  34.4 
 
 		 943 aa  211  7e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4800  transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 922 aa  209  3e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  33.93 
 
 		 886 aa  208  4e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 1227 aa  207  8e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 781 aa  206  3e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2898  transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 		 1094 aa  204  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.343101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  37.41 
 
 		 792 aa  203  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 775 aa  201  5e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  36.83 
 
 		 1085 aa  200  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3308  transcriptional regulator, winged helix family  38.21 
 
 		 1005 aa  199  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000076041  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  39.75 
 
 		 840 aa  199  4.0000000000000005e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1468  transcriptional regulator, winged helix family  33.65 
 
 		 969 aa  197  8.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119057  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4643  ATPase-like protein  33.04 
 
 		 1048 aa  196  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391035  normal  0.731274 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 1137 aa  195  3e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  35.15 
 
 		 824 aa  194  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 		 755 aa  194  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1585  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 980 aa  193  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.79609  normal  0.0274178 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  33.56 
 
 		 816 aa  193  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 814 aa  189  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0492  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 963 aa  189  4e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  35.87 
 
 		 960 aa  187  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  38.42 
 
 		 765 aa  186  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  36.83 
 
 		 799 aa  186  3e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 618 aa  186  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 1085 aa  186  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  32.76 
 
 		 999 aa  184  7e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  37.95 
 
 		 887 aa  184  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  35.64 
 
 		 1119 aa  183  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  37.98 
 
 		 877 aa  182  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0466  transcriptional regulator, winged helix family  37.04 
 
 		 1028 aa  182  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0132601  decreased coverage  0.000794556 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  36.41 
 
 		 916 aa  179  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  39.03 
 
 		 948 aa  179  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1195  putative regulator  35.46 
 
 		 780 aa  178  5e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 948 aa  178  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 882 aa  177  9.999999999999999e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  37.22 
 
 		 973 aa  175  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  37.22 
 
 		 973 aa  174  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  36.72 
 
 		 973 aa  171  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1996  transcriptional regulator, winged helix family  40.68 
 
 		 1141 aa  169  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.942344  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 901 aa  168  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  35.12 
 
 		 1014 aa  168  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  36.39 
 
 		 921 aa  167  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  33.71 
 
 		 950 aa  167  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4606  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 941 aa  167  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0568023  normal  0.290469 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  36.8 
 
 		 931 aa  166  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 591 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1060  protein kinase  31.78 
 
 		 644 aa  166  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0363505  normal  0.237814 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3482  ATPase-like protein  32.08 
 
 		 777 aa  164  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1995  transcriptional regulator, winged helix family  38.02 
 
 		 878 aa  164  8.000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 601 aa  164  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  31.22 
 
 		 827 aa  163  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3528  transcriptional regulator, winged helix family  32.14 
 
 		 1005 aa  163  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.105108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  30.3 
 
 		 701 aa  162  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  33.18 
 
 		 760 aa  161  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 966 aa  161  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 1001 aa  160  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 591 aa  160  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  35.77 
 
 		 922 aa  159  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3338  transcriptional regulator, LuxR family  38.4 
 
 		 919 aa  159  4e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.682048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  37.43 
 
 		 972 aa  157  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  36.54 
 
 		 818 aa  156  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  36.26 
 
 		 658 aa  156  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.96 
 
 		 601 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1855  XRE family transcriptional regulator  27.77 
 
 		 831 aa  155  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>