87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6887 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  100 
 
 		 935 aa  1839    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8592  response regulator receiver and SARP domain protein  30.7 
 
 		 575 aa  160  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.169178  normal  0.403545 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4039  transcriptional regulator, SARP family  27.37 
 
 		 1041 aa  142  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.039203  normal  0.0409603 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  37.62 
 
 		 356 aa  140  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1730  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  36.15 
 
 		 988 aa  96.7  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0938978  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  28.89 
 
 		 1147 aa  90.1  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  30.77 
 
 		 1002 aa  88.2  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2587  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  35.41 
 
 		 992 aa  85.5  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.437987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  28.42 
 
 		 1124 aa  84  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  29.05 
 
 		 1090 aa  84.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  32.39 
 
 		 1066 aa  74.7  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  31.65 
 
 		 1051 aa  71.2  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  32.27 
 
 		 628 aa  70.9  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  29.17 
 
 		 1079 aa  69.3  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5465  SARP family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 775 aa  68.6  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  30.13 
 
 		 1086 aa  68.2  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  44.16 
 
 		 304 aa  66.6  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2428  transcriptional regulator, SARP family  28.95 
 
 		 494 aa  65.5  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0215  transcriptional activator domain protein  29.06 
 
 		 1163 aa  63.9  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.6802 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  49.15 
 
 		 994 aa  63.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6300  hypothetical protein  53.57 
 
 		 1655 aa  62.4  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.633429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  52.73 
 
 		 1385 aa  59.3  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6761  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  25.3 
 
 		 735 aa  59.7  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  50.88 
 
 		 212 aa  58.9  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  31.74 
 
 		 969 aa  58.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  28.51 
 
 		 1091 aa  55.5  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  29.93 
 
 		 219 aa  54.7  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  31.58 
 
 		 369 aa  54.7  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3460  transcriptional activator domain-containing protein  29.73 
 
 		 1061 aa  52.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  33.63 
 
 		 389 aa  52.4  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 440 aa  49.3  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  30.61 
 
 		 403 aa  49.3  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  34.25 
 
 		 387 aa  49.3  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  29.72 
 
 		 419 aa  49.7  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  35.62 
 
 		 417 aa  48.9  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  38.6 
 
 		 426 aa  48.9  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  36.21 
 
 		 407 aa  48.5  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 367 aa  48.9  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  41.79 
 
 		 954 aa  48.5  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 374 aa  48.5  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3806  SARP family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 423 aa  48.5  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0119583  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2896  response regulator receiver and SARP domain-containing protein  26.73 
 
 		 268 aa  48.5  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.264133 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  34.31 
 
 		 365 aa  48.5  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  35.62 
 
 		 430 aa  48.5  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  36.84 
 
 		 408 aa  48.1  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  31.07 
 
 		 340 aa  48.1  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 440 aa  48.1  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 440 aa  48.1  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  32.06 
 
 		 359 aa  48.1  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 376 aa  48.1  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 362 aa  48.1  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  31.82 
 
 		 405 aa  48.1  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  38.6 
 
 		 394 aa  48.1  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 374 aa  48.1  0.0009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 376 aa  47.8  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 374 aa  48.1  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 376 aa  47.8  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  36.84 
 
 		 401 aa  47.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  34.48 
 
 		 380 aa  47.4  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  32.71 
 
 		 341 aa  47  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  43.86 
 
 		 353 aa  47.8  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  28.06 
 
 		 435 aa  47.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  35.29 
 
 		 334 aa  47.8  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 374 aa  47.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 376 aa  47.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  33.77 
 
 		 388 aa  46.6  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  40.35 
 
 		 378 aa  46.6  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  33.77 
 
 		 364 aa  47  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4691  hypothetical protein  43.4 
 
 		 1309 aa  46.6  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0479337  normal  0.155639 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  48.08 
 
 		 377 aa  47  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  33.77 
 
 		 395 aa  47  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  34 
 
 		 361 aa  45.8  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  38.67 
 
 		 369 aa  46.2  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 358 aa  46.2  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  39.73 
 
 		 338 aa  45.8  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  43.86 
 
 		 346 aa  45.8  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  37.1 
 
 		 368 aa  45.4  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0341  hypothetical protein  35.24 
 
 		 357 aa  45.8  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  36.84 
 
 		 390 aa  45.4  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  28.52 
 
 		 1083 aa  45.4  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  38.3 
 
 		 377 aa  45.4  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 377 aa  45.1  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  30.7 
 
 		 341 aa  45.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  30.7 
 
 		 341 aa  45.1  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  37.97 
 
 		 97 aa  44.7  0.009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  41.82 
 
 		 364 aa  44.7  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3125  transcriptional activator domain-containing protein  25.69 
 
 		 1068 aa  44.3  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>