23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0409 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 1385 aa  2639    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6300  hypothetical protein  59.03 
 
 		 1655 aa  325  4e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.633429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  39.52 
 
 		 1002 aa  159  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  33.69 
 
 		 1090 aa  136  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  38.46 
 
 		 969 aa  131  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  40.13 
 
 		 628 aa  129  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0694  hypothetical protein  33.84 
 
 		 564 aa  127  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.234419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  27.44 
 
 		 1051 aa  96.3  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  61.82 
 
 		 1079 aa  74.7  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  34.16 
 
 		 994 aa  74.7  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  51.56 
 
 		 1124 aa  68.9  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  57.38 
 
 		 304 aa  67.4  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  28.38 
 
 		 1091 aa  67.4  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  29.86 
 
 		 1147 aa  67  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  27.16 
 
 		 1086 aa  67  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1730  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  57.89 
 
 		 988 aa  66.2  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0938978  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2587  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  57.89 
 
 		 992 aa  65.1  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.437987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  52.73 
 
 		 935 aa  58.5  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  26.28 
 
 		 356 aa  58.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  33.33 
 
 		 1066 aa  53.5  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1367  SARP family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 963 aa  50.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  46 
 
 		 190 aa  47  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  33.85 
 
 		 503 aa  46.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>