48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2229 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 1086 aa  2167    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  33.24 
 
 		 1051 aa  397  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  30.94 
 
 		 1079 aa  340  5.9999999999999996e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  32.15 
 
 		 1066 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  47.16 
 
 		 1091 aa  249  2e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  31.3 
 
 		 1147 aa  234  5e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4039  transcriptional regulator, SARP family  34.39 
 
 		 1041 aa  101  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.039203  normal  0.0409603 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  33.61 
 
 		 407 aa  89.4  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  31.05 
 
 		 1002 aa  88.6  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  33.47 
 
 		 380 aa  85.9  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  25.89 
 
 		 1385 aa  79.3  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  28.81 
 
 		 1090 aa  79  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  29.44 
 
 		 969 aa  70.1  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  51.79 
 
 		 304 aa  70.1  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  32.48 
 
 		 242 aa  68.9  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  42.17 
 
 		 356 aa  67  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  33.87 
 
 		 546 aa  63.9  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6300  hypothetical protein  32.7 
 
 		 1655 aa  63.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.633429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  25.52 
 
 		 1124 aa  62  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  44.93 
 
 		 935 aa  60.1  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1730  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  30.14 
 
 		 988 aa  60.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0938978  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2587  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  28.05 
 
 		 992 aa  58.9  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.437987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4246  Peptidoglycan-binding LysM  36.17 
 
 		 217 aa  58.9  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.995524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.73 
 
 		 954 aa  56.2  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  33.06 
 
 		 334 aa  55.5  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  27.51 
 
 		 628 aa  53.1  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  42.86 
 
 		 212 aa  52.4  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  50 
 
 		 677 aa  51.2  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  42 
 
 		 190 aa  48.9  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  29.1 
 
 		 341 aa  48.5  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2193  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 521 aa  47.8  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1367  SARP family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 963 aa  47.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  45.28 
 
 		 440 aa  47.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  36 
 
 		 219 aa  47.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 		 367 aa  46.2  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  40.38 
 
 		 339 aa  46.2  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3327  peptidoglycan-binding LysM  23.67 
 
 		 1123 aa  46.2  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  44.83 
 
 		 161 aa  46.2  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  44.23 
 
 		 440 aa  46.2  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  44.83 
 
 		 233 aa  45.4  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  39.58 
 
 		 531 aa  45.4  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  46.55 
 
 		 156 aa  45.1  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  41.07 
 
 		 994 aa  45.1  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1611  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 334 aa  45.1  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000139366  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0425  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 334 aa  45.1  0.008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0216464  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1417  Peptidoglycan-binding LysM  46.67 
 
 		 223 aa  44.7  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  46.55 
 
 		 156 aa  44.7  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  44.83 
 
 		 156 aa  44.7  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>