106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8593 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 356 aa  701    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  39.82 
 
 		 935 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4039  transcriptional regulator, SARP family  27.99 
 
 		 1041 aa  87.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.039203  normal  0.0409603 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  32.64 
 
 		 628 aa  87  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  28.84 
 
 		 1124 aa  81.3  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  31.4 
 
 		 1090 aa  79.7  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  30.86 
 
 		 1002 aa  79  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1730  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  34.05 
 
 		 988 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0938978  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  42.17 
 
 		 1086 aa  67  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  26.52 
 
 		 1079 aa  64.7  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  36.17 
 
 		 969 aa  63.2  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  44.93 
 
 		 994 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  26.11 
 
 		 1147 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  46.38 
 
 		 1091 aa  61.6  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  31.05 
 
 		 1066 aa  58.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 1385 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  28.77 
 
 		 1051 aa  57  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  29.78 
 
 		 380 aa  55.5  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  44.07 
 
 		 161 aa  53.5  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  44.83 
 
 		 161 aa  53.1  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  44.83 
 
 		 161 aa  53.1  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6300  hypothetical protein  43.86 
 
 		 1655 aa  53.1  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.633429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 374 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 374 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  43.08 
 
 		 163 aa  52.4  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 374 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1367  SARP family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 963 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  47.27 
 
 		 383 aa  52.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  40.35 
 
 		 304 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  41.82 
 
 		 378 aa  51.2  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 376 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 376 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 376 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 376 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  45.45 
 
 		 212 aa  50.4  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 362 aa  50.1  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 365 aa  49.3  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  38.71 
 
 		 166 aa  49.3  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  36.11 
 
 		 359 aa  48.9  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  27.06 
 
 		 331 aa  49.3  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  43.64 
 
 		 346 aa  48.9  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  30.34 
 
 		 407 aa  48.9  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  33.9 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1707  putative transmembrane protein  33.98 
 
 		 371 aa  48.5  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117876  normal  0.0501605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  39.29 
 
 		 543 aa  48.5  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 367 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  38.71 
 
 		 158 aa  48.5  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  36.92 
 
 		 377 aa  47.8  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  41.38 
 
 		 190 aa  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 368 aa  47.8  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  40.32 
 
 		 162 aa  47.8  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  40.32 
 
 		 162 aa  47.8  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  38.1 
 
 		 352 aa  47.4  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  38.6 
 
 		 360 aa  47  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  39.73 
 
 		 219 aa  47  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  35.87 
 
 		 97 aa  47  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  37.93 
 
 		 185 aa  46.6  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  38.71 
 
 		 156 aa  46.6  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 369 aa  46.6  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 		 419 aa  46.2  0.0009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 369 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  38.71 
 
 		 156 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  40 
 
 		 341 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  36.21 
 
 		 195 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 426 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  38.71 
 
 		 156 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 		 349 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  36.36 
 
 		 349 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  38.1 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 341 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  43.64 
 
 		 389 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  42.11 
 
 		 417 aa  44.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 345 aa  45.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  35.14 
 
 		 435 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  42.37 
 
 		 156 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 		 394 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1487  peptidoglycan-binding LysM  41.38 
 
 		 425 aa  45.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  38.18 
 
 		 353 aa  45.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2167  LysM domain/BON superfamily protein  38.98 
 
 		 156 aa  44.7  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.420767  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  38.18 
 
 		 341 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  38.6 
 
 		 364 aa  44.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  40 
 
 		 366 aa  44.3  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  31.31 
 
 		 364 aa  44.3  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2427  LysM domain/BON superfamily protein  38.98 
 
 		 156 aa  43.9  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  32.81 
 
 		 387 aa  44.3  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2264  LysM domain/BON superfamily protein  38.98 
 
 		 156 aa  43.9  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189234  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2304  LysM domain/BON superfamily protein  38.98 
 
 		 156 aa  43.9  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  33.93 
 
 		 340 aa  44.3  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 338 aa  43.5  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  40 
 
 		 391 aa  43.9  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  29.21 
 
 		 343 aa  43.5  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  41.07 
 
 		 158 aa  43.5  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  40.68 
 
 		 156 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  44 
 
 		 393 aa  43.5  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  36.84 
 
 		 361 aa  43.1  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  38.98 
 
 		 156 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 		 401 aa  43.1  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20580  LysM domain-containing protein  35.9 
 
 		 293 aa  43.1  0.007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.192276  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>