46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4449 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 407 aa  765    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  70.34 
 
 		 380 aa  439  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  34.46 
 
 		 1086 aa  95.5  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4039  transcriptional regulator, SARP family  34.3 
 
 		 1041 aa  93.2  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.039203  normal  0.0409603 
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  42.74 
 
 		 1091 aa  89.7  8e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  32.3 
 
 		 1066 aa  71.6  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  30.55 
 
 		 1090 aa  72  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  32.17 
 
 		 1002 aa  69.7  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  30.88 
 
 		 1124 aa  58.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  30.56 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  29.88 
 
 		 935 aa  55.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  39.06 
 
 		 1147 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  40.98 
 
 		 559 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  40.26 
 
 		 559 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  31.33 
 
 		 969 aa  53.5  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  38 
 
 		 954 aa  53.1  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  38.98 
 
 		 556 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  37.1 
 
 		 568 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  33.61 
 
 		 158 aa  49.7  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 		 446 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  31.74 
 
 		 628 aa  49.3  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1730  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  32.7 
 
 		 988 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0938978  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  31.56 
 
 		 1051 aa  47.8  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  41.38 
 
 		 166 aa  47.8  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  32.12 
 
 		 195 aa  47.8  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  34.29 
 
 		 296 aa  47.4  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  40.35 
 
 		 161 aa  46.6  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  40.35 
 
 		 161 aa  46.6  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 453 aa  46.6  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 453 aa  46.6  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  35.21 
 
 		 168 aa  46.2  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3327  peptidoglycan-binding LysM  28.82 
 
 		 1123 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  31.93 
 
 		 311 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  35.21 
 
 		 168 aa  46.2  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  43.08 
 
 		 160 aa  45.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  38.46 
 
 		 289 aa  44.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 453 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 453 aa  44.7  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  37.25 
 
 		 153 aa  44.3  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 158 aa  43.5  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  38.64 
 
 		 293 aa  43.9  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 163 aa  43.5  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 453 aa  43.5  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  45.83 
 
 		 453 aa  43.1  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  29.46 
 
 		 1385 aa  43.1  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  40.82 
 
 		 162 aa  42.7  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>