31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3125 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3125  integral membrane protein  100 
 
 		 628 aa  1164    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.435846  hitchhiker  0.000875177 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4135  hypothetical protein  44.11 
 
 		 1002 aa  171  5e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8210  hypothetical protein  44.74 
 
 		 1090 aa  167  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6300  hypothetical protein  40.43 
 
 		 1655 aa  162  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.633429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0409  peptidoglycan-binding LysM  40.18 
 
 		 1385 aa  154  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.617719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1313  hypothetical protein  40.36 
 
 		 969 aa  142  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.489713 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4651  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  34.46 
 
 		 1124 aa  126  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.839576 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0694  hypothetical protein  36.43 
 
 		 564 aa  117  7.999999999999999e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.234419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8747  Peptidoglycan-binding LysM  30.61 
 
 		 994 aa  97.1  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358141 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  42.39 
 
 		 1051 aa  96.7  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  35.21 
 
 		 356 aa  97.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2229  peptidoglycan-binding LysM  30.67 
 
 		 1086 aa  92.4  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013531  Xcel_3426  Peptidoglycan-binding LysM  32.08 
 
 		 1091 aa  92.4  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2755  Peptidoglycan-binding LysM  36.3 
 
 		 1147 aa  87.8  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00369257  normal  0.0269725 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0678  transcriptional regulator, SARP family  35.66 
 
 		 1066 aa  85.5  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4719  peptidoglycan-binding LysM  34.08 
 
 		 1079 aa  73.6  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4039  transcriptional regulator, SARP family  30.21 
 
 		 1041 aa  71.2  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.039203  normal  0.0409603 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  33.33 
 
 		 935 aa  70.9  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1730  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  36.61 
 
 		 988 aa  63.5  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0938978  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2587  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  35.1 
 
 		 992 aa  62  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.437987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3327  peptidoglycan-binding LysM  31.69 
 
 		 1123 aa  54.7  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  45.07 
 
 		 304 aa  54.3  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  31.17 
 
 		 407 aa  51.2  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  30.89 
 
 		 380 aa  50.8  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1367  SARP family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 963 aa  47.8  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  38.18 
 
 		 503 aa  47.4  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1024  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 680 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  31.76 
 
 		 219 aa  45.4  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1176  Peptidoglycan-binding LysM  38.18 
 
 		 676 aa  45.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0861609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  25.36 
 
 		 404 aa  44.7  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  38.24 
 
 		 440 aa  44.3  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>