106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0018 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 341 aa  689    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  76.54 
 
 		 341 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  74.49 
 
 		 345 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  74.49 
 
 		 341 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  75.07 
 
 		 341 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  74.78 
 
 		 341 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  67.16 
 
 		 341 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  48.32 
 
 		 352 aa  346  4e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  49.54 
 
 		 338 aa  339  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  45.38 
 
 		 345 aa  285  9e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  45.96 
 
 		 338 aa  280  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  40.85 
 
 		 383 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  40.06 
 
 		 345 aa  238  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  39.58 
 
 		 389 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  40.06 
 
 		 345 aa  235  7e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  37.46 
 
 		 341 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  36.26 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  35.08 
 
 		 365 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  36.69 
 
 		 349 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  39.27 
 
 		 408 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  35.1 
 
 		 403 aa  212  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  32.23 
 
 		 374 aa  209  6e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  34.99 
 
 		 343 aa  209  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  34.24 
 
 		 378 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  34.41 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  33.33 
 
 		 377 aa  206  4e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  37.91 
 
 		 394 aa  206  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  39.43 
 
 		 405 aa  205  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  33.7 
 
 		 367 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  37.22 
 
 		 417 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  32.07 
 
 		 377 aa  203  3e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  33.06 
 
 		 374 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  34.88 
 
 		 426 aa  203  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.83 
 
 		 393 aa  203  4e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  34.88 
 
 		 419 aa  202  8e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  32.78 
 
 		 374 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  33.88 
 
 		 369 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  37.35 
 
 		 387 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  32.88 
 
 		 376 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.88 
 
 		 376 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  32.88 
 
 		 376 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  32.88 
 
 		 376 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  36.16 
 
 		 401 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  35.18 
 
 		 430 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  34.68 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  37.5 
 
 		 409 aa  194  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  40.55 
 
 		 388 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.6 
 
 		 362 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  33.14 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  34.56 
 
 		 420 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  38.15 
 
 		 390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  32.06 
 
 		 349 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  32.06 
 
 		 349 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  32.07 
 
 		 368 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  37.13 
 
 		 364 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  37.13 
 
 		 395 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  37.69 
 
 		 358 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  30.61 
 
 		 366 aa  170  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  29.6 
 
 		 361 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  30.29 
 
 		 391 aa  153  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  29.63 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  30.09 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  29.82 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  29.15 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  29.28 
 
 		 364 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  30.28 
 
 		 384 aa  139  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  29.77 
 
 		 384 aa  137  4e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  31.27 
 
 		 329 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  27.57 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  28.28 
 
 		 435 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  28.19 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  29.06 
 
 		 440 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  27.43 
 
 		 440 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  27.51 
 
 		 440 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  27.76 
 
 		 338 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  27.16 
 
 		 335 aa  102  8e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  27.62 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  25.22 
 
 		 333 aa  97.1  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  26.38 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  27.86 
 
 		 394 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  25.16 
 
 		 339 aa  94  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.7 
 
 		 429 aa  92.8  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  23.41 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  41.89 
 
 		 156 aa  52  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0508  spore coat assembly protein SafA  36.71 
 
 		 203 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 1051 aa  49.3  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0818  hypothetical protein  39.29 
 
 		 623 aa  48.9  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  48.98 
 
 		 205 aa  47  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  38.46 
 
 		 377 aa  47.4  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  47.92 
 
 		 219 aa  47  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2725  5'-nucleotidase-like  42.55 
 
 		 663 aa  46.6  0.0006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  39.66 
 
 		 163 aa  46.2  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  37.29 
 
 		 166 aa  44.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  43.75 
 
 		 195 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  42 
 
 		 185 aa  45.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 158 aa  45.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 356 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3452  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  43.33 
 
 		 335 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  41.51 
 
 		 160 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>