27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0341 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0341  hypothetical protein  100 
 
 		 357 aa  731    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0340  peptidoglycan-binding LysM  36.16 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.33 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 246 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  25.83 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.13 
 
 		 253 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  25.21 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  27.53 
 
 		 254 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 286 aa  53.9  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3279  hypothetical protein  24.16 
 
 		 304 aa  53.1  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0523895  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 245 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 251 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.36 
 
 		 297 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1406  cation transport ATPase  39.71 
 
 		 1082 aa  47.8  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.52322  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 352 aa  47.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  19.92 
 
 		 269 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_002620  TC0773  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.99 
 
 		 263 aa  47  0.0005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  39.34 
 
 		 219 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  34.85 
 
 		 404 aa  45.1  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  24.46 
 
 		 298 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.55 
 
 		 245 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  34.85 
 
 		 404 aa  45.1  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 256 aa  44.3  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 270 aa  43.9  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 		 322 aa  43.9  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  23.14 
 
 		 245 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  37.88 
 
 		 428 aa  43.1  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>