More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2571 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
269 aa  551  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  36.05 
 
 
270 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  33.33 
 
 
245 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.29 
 
 
243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  28.86 
 
 
245 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  30.87 
 
 
251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 
245 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.05 
 
 
245 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 
232 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.51 
 
 
251 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 
245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  29.07 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  27.85 
 
 
247 aa  106  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  26.58 
 
 
243 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  26.61 
 
 
248 aa  97.8  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  27.15 
 
 
262 aa  94.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
251 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
258 aa  88.6  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 
272 aa  87  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  27.31 
 
 
288 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  26.87 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  26.89 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.89 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.89 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.89 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  25.65 
 
 
297 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  26.43 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 
286 aa  82  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 
270 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  28.02 
 
 
254 aa  82  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  26.82 
 
 
264 aa  82  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.89 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  25.65 
 
 
298 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  24.43 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.67 
 
 
264 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
262 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.88 
 
 
262 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  24.6 
 
 
259 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
272 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 
272 aa  72  0.000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
272 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 
262 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  24.68 
 
 
273 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
260 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  24.08 
 
 
274 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  28.57 
 
 
714 aa  66.6  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  21.07 
 
 
293 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
266 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
245 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  22.36 
 
 
288 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  26.07 
 
 
251 aa  64.3  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
252 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2837  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
271 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.117714  normal  0.871916 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  19.18 
 
 
265 aa  63.5  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 
258 aa  63.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.3 
 
 
247 aa  63.5  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  25.78 
 
 
264 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  26.29 
 
 
259 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  19.92 
 
 
255 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.01 
 
 
303 aa  63.2  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  24.49 
 
 
260 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  24.8 
 
 
250 aa  62.4  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 
265 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  23.45 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.14 
 
 
255 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.89 
 
 
253 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  22.09 
 
 
247 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
274 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.99 
 
 
266 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
274 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  26.71 
 
 
570 aa  58.9  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  24.55 
 
 
269 aa  58.9  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.76 
 
 
264 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.93 
 
 
266 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  22.32 
 
 
247 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
266 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 
262 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.76 
 
 
313 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
266 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  25.93 
 
 
266 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  21.69 
 
 
247 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.76 
 
 
313 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.76 
 
 
313 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.93 
 
 
320 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  27.68 
 
 
265 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.93 
 
 
315 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.49 
 
 
256 aa  57  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.67 
 
 
263 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
274 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  22.6 
 
 
1301 aa  56.2  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.05 
 
 
277 aa  56.2  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1324  amino acid ABC transporter (binding protein)  25.48 
 
 
262 aa  56.6  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216539  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  23.46 
 
 
295 aa  56.2  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
247 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.35 
 
 
262 aa  55.8  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>