119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4441 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 259 aa  524  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  33.05 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.85 
 
 		 243 aa  88.2  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3279  hypothetical protein  28.05 
 
 		 304 aa  86.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0523895  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  25.83 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.6 
 
 		 265 aa  86.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.52 
 
 		 264 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  29.6 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.45 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  26.01 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.7 
 
 		 253 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.51 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0341  hypothetical protein  28.33 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  30.35 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0340  peptidoglycan-binding LysM  24.19 
 
 		 359 aa  75.5  0.0000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 246 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  26.78 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  29 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 270 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  22.41 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  22.45 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  22.45 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  27.19 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.08 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 262 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  22.04 
 
 		 269 aa  68.6  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.53 
 
 		 254 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  26.72 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  30.24 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.72 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.72 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  24.49 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  26.38 
 
 		 264 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  27.27 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  21.71 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  21.94 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  24.67 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  22.75 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  29.02 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  22.41 
 
 		 303 aa  62  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  20.08 
 
 		 258 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  22.08 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  20.97 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  21.51 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 275 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  23.65 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  21.7 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  23.65 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  23.74 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  24.38 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  26.15 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 262 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  24.54 
 
 		 483 aa  53.5  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 247 aa  53.1  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.56 
 
 		 255 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  21.69 
 
 		 252 aa  50.8  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 257 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 262 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  30.51 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.93 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  28.17 
 
 		 251 aa  50.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  31.16 
 
 		 258 aa  48.9  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  30 
 
 		 244 aa  48.9  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.36 
 
 		 256 aa  48.9  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15430  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  25.89 
 
 		 297 aa  48.9  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0169266  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  23.04 
 
 		 269 aa  48.9  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 270 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  22.62 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.9 
 
 		 1165 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2275  cellulose-binding family II protein  30.83 
 
 		 405 aa  47.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.423052 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  25.84 
 
 		 295 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  28.05 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  22.38 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  23.51 
 
 		 251 aa  46.2  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.19 
 
 		 265 aa  46.2  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 		 262 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  23.08 
 
 		 2213 aa  45.8  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  21.86 
 
 		 260 aa  45.8  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  28.8 
 
 		 248 aa  45.4  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 275 aa  45.4  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  32.47 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  28.03 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>