79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2148 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  100 
 
 		 258 aa  530  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  53.65 
 
 		 250 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  50.62 
 
 		 250 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  50.2 
 
 		 243 aa  255  5e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  49.8 
 
 		 248 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  49.8 
 
 		 248 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  49.8 
 
 		 248 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  49.8 
 
 		 248 aa  254  8e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  49.39 
 
 		 263 aa  250  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  49.36 
 
 		 241 aa  248  6e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  49.79 
 
 		 259 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  46.37 
 
 		 286 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  49.77 
 
 		 235 aa  236  3e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  47.48 
 
 		 244 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  50.45 
 
 		 235 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  45.16 
 
 		 247 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  36.09 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  31.28 
 
 		 251 aa  119  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  32.37 
 
 		 254 aa  119  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  35.5 
 
 		 297 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  34.91 
 
 		 298 aa  89  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  26.87 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  29.57 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  29.57 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  29.57 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  28.8 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  29.57 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  29.21 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3432  hypothetical protein  30.19 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.65 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  29.82 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.9 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  27.18 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  27.42 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  30.18 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 270 aa  69.7  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  24.77 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  27.71 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.95 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.22 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  27.42 
 
 		 245 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.44 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.92 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 252 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  27.95 
 
 		 243 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  20.53 
 
 		 288 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.88 
 
 		 245 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.33 
 
 		 251 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 232 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  22.78 
 
 		 247 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 262 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  22.78 
 
 		 247 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 269 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 251 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.06 
 
 		 265 aa  49.3  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  22.39 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.88 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  21.79 
 
 		 262 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 246 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  24.22 
 
 		 257 aa  46.2  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 272 aa  46.2  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  26.95 
 
 		 303 aa  45.8  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  22.17 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  28.4 
 
 		 570 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  27.12 
 
 		 251 aa  44.7  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  22.37 
 
 		 457 aa  43.9  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 258 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  25.17 
 
 		 260 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 260 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3279  hypothetical protein  28.1 
 
 		 304 aa  43.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0523895  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  26.9 
 
 		 830 aa  43.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 260 aa  42.7  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  23.63 
 
 		 257 aa  42.4  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>