116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3223 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  100 
 
 
255 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
251 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.12 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  32.73 
 
 
274 aa  98.6  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.66 
 
 
264 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
270 aa  89  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 
258 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  31.75 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  28.89 
 
 
298 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  27.2 
 
 
247 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 
262 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  27.2 
 
 
247 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  28.02 
 
 
251 aa  74.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  26.78 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  29.07 
 
 
288 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
272 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.67 
 
 
247 aa  72  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.05 
 
 
265 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  27.88 
 
 
297 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  24.77 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  26.32 
 
 
263 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
262 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  28.65 
 
 
262 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
262 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  23.44 
 
 
264 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  25.42 
 
 
264 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  23.44 
 
 
264 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  23.44 
 
 
264 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  23.44 
 
 
264 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  25.69 
 
 
248 aa  62.4  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  23.41 
 
 
264 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 
264 aa  62  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
270 aa  62  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  22.99 
 
 
250 aa  62  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  29.41 
 
 
255 aa  61.6  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  23.16 
 
 
243 aa  59.3  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  23.04 
 
 
250 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  23.66 
 
 
259 aa  58.5  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  25.2 
 
 
260 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
262 aa  57  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  21.9 
 
 
254 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
275 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  24.71 
 
 
235 aa  55.5  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.93 
 
 
245 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 
258 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 
286 aa  55.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
258 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 
245 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.19 
 
 
253 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  23.02 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  22.62 
 
 
264 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  21.98 
 
 
247 aa  54.3  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  25.51 
 
 
245 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  22.87 
 
 
241 aa  53.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  21.74 
 
 
262 aa  53.1  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 
269 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.63 
 
 
245 aa  52.8  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  25.99 
 
 
238 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
260 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  25.37 
 
 
259 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 
243 aa  51.6  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
232 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
251 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.46 
 
 
259 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.51 
 
 
251 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 
272 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
244 aa  49.7  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 
272 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 
272 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  23.27 
 
 
274 aa  48.5  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 
274 aa  48.5  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  27.98 
 
 
250 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  25.45 
 
 
237 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 
483 aa  48.5  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  21.93 
 
 
235 aa  47.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.76 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  24.9 
 
 
257 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  27.56 
 
 
243 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 
274 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  25.21 
 
 
285 aa  47  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  23.56 
 
 
251 aa  47  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  27.22 
 
 
288 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 
274 aa  45.8  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
245 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
246 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.79 
 
 
253 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  29.71 
 
 
502 aa  45.4  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  29.71 
 
 
502 aa  45.4  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.86 
 
 
258 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 
262 aa  45.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  26.49 
 
 
250 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 
258 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  18.92 
 
 
286 aa  43.9  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 
241 aa  43.9  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.68 
 
 
244 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  27.61 
 
 
261 aa  44.3  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  21.93 
 
 
248 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  21.93 
 
 
248 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  21.93 
 
 
248 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.860262 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>