134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0629 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 257 aa  529  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  51.93 
 
 		 248 aa  248  7e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  45.53 
 
 		 256 aa  202  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  41.73 
 
 		 258 aa  202  5e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  38.7 
 
 		 632 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  37.66 
 
 		 483 aa  158  9e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  40.19 
 
 		 262 aa  151  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.21 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.8 
 
 		 401 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  27.97 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.81 
 
 		 244 aa  118  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  34.27 
 
 		 251 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  33.33 
 
 		 251 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.71 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 255 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  33.64 
 
 		 269 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  28.25 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  32.79 
 
 		 251 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  32.79 
 
 		 251 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  28.21 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  31.34 
 
 		 248 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  31.34 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  29.77 
 
 		 257 aa  105  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 265 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  29.11 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  30.13 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 275 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  28.64 
 
 		 257 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  29.52 
 
 		 265 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  32.24 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  32.61 
 
 		 242 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 268 aa  99.8  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 248 aa  99.4  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  31.31 
 
 		 250 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 260 aa  98.6  8e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  31.25 
 
 		 251 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  30.05 
 
 		 263 aa  97.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  28.3 
 
 		 238 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 265 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  28.37 
 
 		 252 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 265 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 238 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  27.83 
 
 		 237 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.52 
 
 		 247 aa  92.8  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 269 aa  89.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.29 
 
 		 252 aa  87  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  27.43 
 
 		 271 aa  85.1  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  29.1 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.84 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  26.5 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.79 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.71 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.56 
 
 		 235 aa  62  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  28.06 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 		 1080 aa  61.2  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  26.59 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.18 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  36.84 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.42 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24.87 
 
 		 264 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  34.41 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.23 
 
 		 584 aa  56.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24.89 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  24.11 
 
 		 270 aa  52.4  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  24.85 
 
 		 618 aa  52  0.000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 262 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  25.53 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  25.51 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  23.6 
 
 		 615 aa  51.6  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  24.03 
 
 		 272 aa  50.8  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  25.53 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  31.48 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.09 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  29.46 
 
 		 267 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  23.91 
 
 		 252 aa  50.4  0.00003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  21.86 
 
 		 264 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  21.86 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  21.86 
 
 		 264 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  21.86 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 261 aa  48.9  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 252 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  30.77 
 
 		 255 aa  47  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 256 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  20.09 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 262 aa  46.6  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 241 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  21.24 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>