More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0881 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 269 aa  555  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  27.69 
 
 		 265 aa  93.2  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 		 254 aa  92.8  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 248 aa  92  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 238 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  23.98 
 
 		 255 aa  85.9  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 275 aa  85.5  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.47 
 
 		 255 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  25.69 
 
 		 271 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  24.7 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  23.79 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  21.83 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  23.05 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  23.44 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  25.1 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  25.22 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  24.17 
 
 		 242 aa  71.6  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 		 257 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 268 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 262 aa  68.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.53 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0403  putative PAS/PAC sensor protein  25.43 
 
 		 456 aa  68.6  0.00000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  24.31 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.91 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  23.73 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.88 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  25.23 
 
 		 483 aa  65.5  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  23.95 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.46 
 
 		 252 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  23.55 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.7 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  21.27 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  22.4 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.47 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  22.83 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  24.42 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  24.6 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  24.6 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  21.43 
 
 		 830 aa  58.5  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  23.24 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  24.42 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.29 
 
 		 584 aa  57.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  23.17 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  23.08 
 
 		 632 aa  57.8  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  23.58 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.08 
 
 		 274 aa  57  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.32 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  26.38 
 
 		 307 aa  55.5  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.18 
 
 		 584 aa  55.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2568  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.35 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0438  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  22.06 
 
 		 480 aa  54.3  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.126368  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 264 aa  53.5  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4550  extracellular solute-binding protein family 3  25.21 
 
 		 274 aa  53.5  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000001355  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0974  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 273 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0265185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.14 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  21.9 
 
 		 285 aa  52.8  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1308  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 		 285 aa  52.8  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal  0.999326 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.75 
 
 		 264 aa  52.8  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.04 
 
 		 251 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.37 
 
 		 264 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.6 
 
 		 268 aa  52.4  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02234  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1347  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212497  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  19.44 
 
 		 590 aa  52.4  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1343  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.908604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  21.15 
 
 		 251 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02194  hypothetical protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2465  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2459  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2687  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.859955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3449  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2603  histidine ABC transporter, periplasmic histidine-binding protein  26.46 
 
 		 260 aa  52.4  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.84 
 
 		 401 aa  52  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 		 268 aa  52.4  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0252  arginine ABC transporter, substrate-binding protein  22.71 
 
 		 241 aa  51.6  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00199338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>