155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0687 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 255 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  46.22 
 
 		 255 aa  202  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 		 255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  35.32 
 
 		 255 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  34.33 
 
 		 257 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 		 255 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  35.02 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 		 257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  34.33 
 
 		 257 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  33.05 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 248 aa  148  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  33.72 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 275 aa  125  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  29.54 
 
 		 265 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 265 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 263 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 		 265 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 268 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 238 aa  118  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  28.25 
 
 		 252 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 265 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  31.75 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 236 aa  102  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  30.99 
 
 		 251 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  30.97 
 
 		 254 aa  99  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  29.82 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 483 aa  95.9  6e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  27.73 
 
 		 238 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  26.21 
 
 		 632 aa  93.2  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  27.35 
 
 		 237 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  29.91 
 
 		 242 aa  90.5  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 262 aa  88.2  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 269 aa  87  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.38 
 
 		 244 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  26.56 
 
 		 248 aa  86.3  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.17 
 
 		 401 aa  85.5  7e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  27.75 
 
 		 256 aa  85.1  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.61 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.89 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  27.31 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  26.02 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  26.02 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  25.55 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  29.11 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.95 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  24.11 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.81 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  24.11 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25.23 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.66 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  21.96 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  24.55 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  24 
 
 		 248 aa  62  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.61 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  23.56 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2743  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0284405  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.03 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.36 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  21.13 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  26.32 
 
 		 243 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  20.97 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.72 
 
 		 275 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  25.29 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  41.43 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.44 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.6 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  24.67 
 
 		 295 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 261 aa  53.1  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 257 aa  52.8  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 262 aa  52.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.51 
 
 		 262 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  20.73 
 
 		 257 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  31.48 
 
 		 267 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 262 aa  52  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  24.72 
 
 		 255 aa  52  0.000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 281 aa  52  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  22.62 
 
 		 262 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  20.33 
 
 		 258 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  20.33 
 
 		 257 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 245 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  21.3 
 
 		 502 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  21.3 
 
 		 502 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>