179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0424 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  100 
 
 		 256 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  45.22 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  45.53 
 
 		 257 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  38.37 
 
 		 258 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 		 262 aa  159  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  38.4 
 
 		 483 aa  154  1e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  39.17 
 
 		 632 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  32.55 
 
 		 321 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.71 
 
 		 244 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  34.36 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  32.93 
 
 		 257 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 251 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  31.56 
 
 		 269 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  32.41 
 
 		 257 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 257 aa  121  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  31.56 
 
 		 251 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  31.2 
 
 		 255 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  35.48 
 
 		 251 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  32.02 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  35.55 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  34.62 
 
 		 248 aa  116  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  34.03 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  33.64 
 
 		 250 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  31.82 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  33.18 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  35.14 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  34.68 
 
 		 248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  33.33 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  33.33 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  32.08 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.17 
 
 		 401 aa  105  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  32.17 
 
 		 254 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 263 aa  102  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 265 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.26 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 268 aa  99.4  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 238 aa  99  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.19 
 
 		 228 aa  95.5  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  33.33 
 
 		 242 aa  90.5  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  28.95 
 
 		 238 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 255 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.27 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  29.06 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.24 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  31.78 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  25.96 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.67 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 269 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.49 
 
 		 1055 aa  70.1  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.59 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  27.92 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  27.15 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  27.09 
 
 		 830 aa  62.4  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  29.63 
 
 		 248 aa  62  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  26.63 
 
 		 274 aa  62  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  25.23 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.7 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 244 aa  59.7  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  25.89 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.92 
 
 		 1165 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  25.45 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  26.53 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 584 aa  55.5  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.96 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 254 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  25.99 
 
 		 264 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25.99 
 
 		 264 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.55 
 
 		 264 aa  52.8  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 246 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  25.42 
 
 		 264 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 272 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.77 
 
 		 1016 aa  52  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  25.42 
 
 		 264 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1459  cytidine deaminase  24.22 
 
 		 396 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0824  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 256 aa  50.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 		 272 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0123  hypothetical protein  23.9 
 
 		 263 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.289179 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  28.22 
 
 		 259 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  22.79 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.96 
 
 		 254 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.61 
 
 		 264 aa  49.7  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>