90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1919 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 247 aa  508  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  29.78 
 
 		 248 aa  108  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  31.12 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.44 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  30.1 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  29.65 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 		 251 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  29.2 
 
 		 248 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  30.54 
 
 		 251 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  29.67 
 
 		 269 aa  99  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.76 
 
 		 247 aa  99  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  28.57 
 
 		 251 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  27.04 
 
 		 242 aa  91.3  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  24.11 
 
 		 254 aa  89  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  25.11 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  24.78 
 
 		 237 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  26.05 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  26.05 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.23 
 
 		 228 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  26.2 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  25.76 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  24.44 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  25.84 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  23.01 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 263 aa  62  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 		 244 aa  62  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  25.15 
 
 		 483 aa  61.2  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.18 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  25.4 
 
 		 632 aa  58.9  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 		 275 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.89 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  23.15 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.27 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  24.73 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.21 
 
 		 275 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  28.76 
 
 		 298 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  21 
 
 		 255 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  22.69 
 
 		 265 aa  54.7  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  28.1 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 		 268 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  20.6 
 
 		 255 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  21.46 
 
 		 255 aa  52.8  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  25 
 
 		 251 aa  52.4  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 251 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 252 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 262 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25.2 
 
 		 264 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  25.2 
 
 		 264 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  25.2 
 
 		 264 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  25.2 
 
 		 264 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 286 aa  49.7  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.77 
 
 		 247 aa  50.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  25.84 
 
 		 257 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  23.97 
 
 		 264 aa  49.7  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  18.43 
 
 		 262 aa  49.3  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 		 274 aa  49.3  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  24.39 
 
 		 264 aa  48.9  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.13 
 
 		 256 aa  48.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 270 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.79 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  21.43 
 
 		 321 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  23.44 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 246 aa  47  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.42 
 
 		 259 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  25.62 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  22.13 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 256 aa  46.2  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 262 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 245 aa  45.8  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  25.21 
 
 		 258 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  22.36 
 
 		 262 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2474  solute-binding family 1 protein  29.53 
 
 		 265 aa  43.9  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.734477  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  21.68 
 
 		 262 aa  42.7  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 280 aa  42.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  19.52 
 
 		 295 aa  42  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  28.81 
 
 		 258 aa  42  0.009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>