90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2027 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 275 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  30.87 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.15 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 244 aa  87.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  26.86 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  29.78 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  29.33 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.27 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  24.9 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  27.75 
 
 		 248 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 248 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.53 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  27.75 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  26.17 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.87 
 
 		 255 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  25.79 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  24.11 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25.7 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  25.79 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  22.88 
 
 		 632 aa  63.5  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  25.49 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  24.18 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  22 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  21.31 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  21.6 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.07 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  23.2 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  22.8 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.57 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  25.7 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  22.4 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  21.49 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 		 260 aa  57  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  23.83 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  22.94 
 
 		 483 aa  56.6  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.89 
 
 		 1055 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  22.08 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 		 265 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.85 
 
 		 401 aa  53.5  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.64 
 
 		 259 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 265 aa  52  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  29.05 
 
 		 298 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  26.14 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.14 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.27 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  22.27 
 
 		 262 aa  50.8  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.14 
 
 		 264 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 250 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.14 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  21.31 
 
 		 262 aa  49.7  0.00005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  24.32 
 
 		 648 aa  49.3  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  25.85 
 
 		 264 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  25.85 
 
 		 264 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  24.35 
 
 		 252 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 275 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  31.82 
 
 		 297 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  21.13 
 
 		 272 aa  48.9  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24 
 
 		 274 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  21.49 
 
 		 268 aa  47.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.76 
 
 		 243 aa  47.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 260 aa  47.4  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 251 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  35.87 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.31 
 
 		 243 aa  45.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  22.96 
 
 		 247 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  26.34 
 
 		 288 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 245 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24.78 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 253 aa  43.9  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  20.54 
 
 		 269 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 262 aa  43.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.13 
 
 		 243 aa  43.5  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  20.7 
 
 		 269 aa  43.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.08 
 
 		 243 aa  43.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 232 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 		 238 aa  42.7  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 285 aa  42.7  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  35.8 
 
 		 245 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 		 241 aa  42  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2957  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.15 
 
 		 810 aa  42  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>