124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0733 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 
255 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  45.49 
 
 
255 aa  203  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 
244 aa  175  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  38.78 
 
 
255 aa  172  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  38.02 
 
 
257 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  38.08 
 
 
257 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  36.89 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  35.66 
 
 
255 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 
257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  36.51 
 
 
265 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 
275 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  36.1 
 
 
265 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
238 aa  155  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  33.88 
 
 
263 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  34.38 
 
 
252 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 
265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
265 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
268 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  33.47 
 
 
271 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  33.8 
 
 
248 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
248 aa  123  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  35.21 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.45 
 
 
401 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  30.45 
 
 
321 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  34.86 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  31.22 
 
 
251 aa  108  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 
260 aa  106  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.39 
 
 
244 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  32.08 
 
 
251 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 
236 aa  101  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  32.41 
 
 
250 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  32.41 
 
 
256 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  32.41 
 
 
250 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  30.08 
 
 
269 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  30.17 
 
 
251 aa  99  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  30.56 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.48 
 
 
251 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.07 
 
 
228 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 
262 aa  95.5  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  30.84 
 
 
258 aa  94  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 
251 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  30 
 
 
248 aa  91.7  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  31.14 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  29.22 
 
 
632 aa  91.3  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 
260 aa  90.1  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  31.14 
 
 
248 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  29.88 
 
 
251 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  29.88 
 
 
251 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 
238 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  26.91 
 
 
237 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.9 
 
 
252 aa  85.5  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 
262 aa  85.5  8e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  31.05 
 
 
242 aa  85.1  9e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.08 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
244 aa  82.8  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.1 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  30.14 
 
 
483 aa  80.5  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 
269 aa  79  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.25 
 
 
247 aa  78.6  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26 
 
 
275 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.59 
 
 
247 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.27 
 
 
259 aa  55.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  25.21 
 
 
264 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  24.05 
 
 
255 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
251 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 
287 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 
270 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  22.18 
 
 
256 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 
252 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
247 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  21.4 
 
 
266 aa  50.4  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.8 
 
 
264 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
275 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  21.01 
 
 
256 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.95 
 
 
253 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  25.3 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  24.39 
 
 
264 aa  47  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  21.01 
 
 
290 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.23 
 
 
1055 aa  47  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
265 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  29.6 
 
 
245 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0013  extracellular solute-binding protein  20.19 
 
 
253 aa  46.2  0.0005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126244  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  22.78 
 
 
272 aa  45.8  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  26.17 
 
 
293 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  22.75 
 
 
264 aa  45.8  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 
252 aa  45.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  22.75 
 
 
264 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  24.14 
 
 
312 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  22.32 
 
 
282 aa  45.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  29.89 
 
 
267 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 
241 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 
232 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  20.59 
 
 
246 aa  44.7  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5607  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 
313 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  22.75 
 
 
264 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  20 
 
 
270 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>