99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0702 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 244 aa  493  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 269 aa  86.3  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  28.06 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.92 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.56 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 248 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  24.17 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.11 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  24.46 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  28.69 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  26.48 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  27.98 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  27.48 
 
 		 251 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  28.81 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  28.09 
 
 		 250 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  24.89 
 
 		 255 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  22.92 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  21.67 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  23.83 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  27.31 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  27.31 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25.79 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.85 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 257 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  26.64 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  24.89 
 
 		 269 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  25 
 
 		 272 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  20.55 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  23.32 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  23.08 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  26.58 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  22.54 
 
 		 228 aa  62  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  25.33 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.22 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  27.52 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 275 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.14 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  26.09 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.55 
 
 		 401 aa  56.6  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.14 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.48 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 260 aa  53.5  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 		 265 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.57 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  24.69 
 
 		 251 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  25.71 
 
 		 255 aa  49.7  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  29.79 
 
 		 252 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 283 aa  48.9  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 252 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.22 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 270 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  24.4 
 
 		 727 aa  46.6  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  27.2 
 
 		 632 aa  46.6  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 258 aa  45.8  0.0006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0440  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  23.4 
 
 		 481 aa  45.4  0.0008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  24.29 
 
 		 256 aa  45.4  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2107  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21 
 
 		 253 aa  45.4  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 251 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25 
 
 		 251 aa  44.7  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 262 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  28.92 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  26.92 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 258 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  20.19 
 
 		 457 aa  43.9  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.47 
 
 		 258 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.97 
 
 		 1165 aa  43.5  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.61 
 
 		 262 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  27.84 
 
 		 253 aa  43.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  25.82 
 
 		 483 aa  42.7  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 262 aa  42.4  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.19 
 
 		 513 aa  42  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  24.31 
 
 		 243 aa  42  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3289  hypothetical protein  21.53 
 
 		 286 aa  42  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.3 
 
 		 1055 aa  42  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 272 aa  42  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 270 aa  42  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  23.15 
 
 		 274 aa  41.6  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 274 aa  41.6  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>