139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3305 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 244 aa  500  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  39.65 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  31.39 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 263 aa  105  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 275 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 260 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  27.53 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  27.9 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 238 aa  99  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 255 aa  95.5  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  28.76 
 
 		 321 aa  95.5  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 255 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 248 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  25.61 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  24.47 
 
 		 255 aa  93.2  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 268 aa  93.2  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  27.5 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  24.8 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 265 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  26.02 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 265 aa  88.6  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 257 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  26.24 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  30.29 
 
 		 254 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 236 aa  78.6  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  27.15 
 
 		 242 aa  77  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  27.54 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.55 
 
 		 401 aa  75.9  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  22.22 
 
 		 272 aa  75.1  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  26.34 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.31 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  26.34 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  26.96 
 
 		 248 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  26.96 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  24.41 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  24.41 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  24.55 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  24.55 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  25.71 
 
 		 256 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  24.02 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.23 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.02 
 
 		 275 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  24.26 
 
 		 248 aa  62  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.32 
 
 		 247 aa  62  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  23.32 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  24.58 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.4 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  24.22 
 
 		 572 aa  55.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  23.33 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  22.44 
 
 		 632 aa  53.9  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  24.66 
 
 		 489 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.66 
 
 		 489 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.66 
 
 		 489 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 241 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 247 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 260 aa  51.2  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 247 aa  51.2  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 252 aa  51.2  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 250 aa  51.2  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  17.87 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 265 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  25.21 
 
 		 268 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  27.07 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 261 aa  49.7  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  23.25 
 
 		 287 aa  49.3  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  21.78 
 
 		 244 aa  49.3  0.00006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 260 aa  49.3  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  23.18 
 
 		 596 aa  48.9  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  22.08 
 
 		 502 aa  48.9  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  22.08 
 
 		 502 aa  48.9  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 262 aa  48.9  0.00008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  21.68 
 
 		 265 aa  48.5  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  19.49 
 
 		 262 aa  48.1  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.68 
 
 		 265 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  23.93 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 		 258 aa  48.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.24 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.24 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.24 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.24 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.1 
 
 		 1047 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  25.11 
 
 		 540 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.24 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  21.51 
 
 		 483 aa  47.4  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.68 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  22.62 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.24 
 
 		 265 aa  47  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  21.24 
 
 		 265 aa  47  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>