220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3523 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 268 aa  549  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  59.25 
 
 		 263 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 265 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  49.05 
 
 		 275 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  52.79 
 
 		 265 aa  277  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  53.22 
 
 		 238 aa  277  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  49.15 
 
 		 252 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  46.72 
 
 		 265 aa  265  7e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  46.72 
 
 		 265 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  50.87 
 
 		 248 aa  260  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  40.98 
 
 		 271 aa  227  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  33.97 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 255 aa  178  9e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  31.3 
 
 		 255 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  32.54 
 
 		 257 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 		 257 aa  168  7e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  33.93 
 
 		 257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.28 
 
 		 255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 260 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 257 aa  99.8  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  29.6 
 
 		 256 aa  99  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 244 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 262 aa  92.8  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  25.1 
 
 		 251 aa  92  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  26.84 
 
 		 632 aa  90.5  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 238 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  27.78 
 
 		 483 aa  90.5  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 236 aa  89.7  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  29.82 
 
 		 250 aa  89  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  29.46 
 
 		 250 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  25.86 
 
 		 251 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  26.73 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.84 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 254 aa  78.6  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.66 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  21.6 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.14 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  23.14 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  25.91 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  25.91 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  24.66 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  25.12 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  25 
 
 		 269 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  25 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  25.29 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  27.27 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  26.43 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.87 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.35 
 
 		 401 aa  63.5  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.63 
 
 		 274 aa  63.2  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  25.09 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.45 
 
 		 584 aa  60.8  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.79 
 
 		 1047 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.88 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.32 
 
 		 604 aa  58.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  22.57 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.81 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  23.5 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.35 
 
 		 1047 aa  55.5  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.77 
 
 		 620 aa  55.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 280 aa  54.3  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  23.32 
 
 		 596 aa  54.7  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 287 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  25.68 
 
 		 572 aa  53.5  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.52 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  24 
 
 		 572 aa  53.9  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  22.87 
 
 		 598 aa  53.1  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 252 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  52.8  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25.21 
 
 		 265 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 252 aa  53.1  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 2654 aa  53.1  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.69 
 
 		 262 aa  52.8  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 277 aa  52.8  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 262 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  24.03 
 
 		 309 aa  52.4  0.000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 262 aa  52.4  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 310 aa  52  0.000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  22.08 
 
 		 255 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>