174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0921 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 260 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  27.71 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  29.82 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  28.44 
 
 		 257 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 257 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  27.53 
 
 		 271 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  32.86 
 
 		 251 aa  119  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 263 aa  116  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  34.07 
 
 		 248 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 268 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  28.93 
 
 		 265 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  25.41 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 255 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  27.11 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 255 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.1 
 
 		 255 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 265 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.52 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  27.8 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 251 aa  99  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 265 aa  98.6  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 248 aa  93.2  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  28.87 
 
 		 256 aa  92.8  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  27.52 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.57 
 
 		 244 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  25.44 
 
 		 251 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  25.44 
 
 		 251 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  28.35 
 
 		 321 aa  88.6  8e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  23.83 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25.78 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  27.56 
 
 		 248 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  26.61 
 
 		 254 aa  85.9  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  25.48 
 
 		 251 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  27.06 
 
 		 237 aa  85.5  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  25.33 
 
 		 250 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.44 
 
 		 228 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  26.67 
 
 		 248 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  24.55 
 
 		 269 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 269 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  24.19 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.22 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  25.75 
 
 		 483 aa  75.9  0.0000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.28 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  24.78 
 
 		 632 aa  74.3  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  25.35 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 262 aa  73.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.87 
 
 		 401 aa  72.4  0.000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.41 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  25.4 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.39 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  23.98 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  23.98 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  23.53 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  23.53 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  25.22 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.57 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.3 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.29 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.84 
 
 		 862 aa  55.5  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.14 
 
 		 275 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  22.32 
 
 		 243 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 457 aa  55.1  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  23.5 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.45 
 
 		 274 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.63 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 		 681 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  26.34 
 
 		 282 aa  52.4  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  22.97 
 
 		 264 aa  52.4  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 263 aa  52  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 272 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  24.77 
 
 		 241 aa  51.6  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  24.11 
 
 		 263 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  20.19 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  20.35 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 258 aa  50.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  24.23 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  21.88 
 
 		 253 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.75 
 
 		 243 aa  48.9  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 		 263 aa  48.9  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  26.22 
 
 		 243 aa  48.9  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 253 aa  48.9  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.22 
 
 		 243 aa  48.9  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  26.22 
 
 		 243 aa  48.9  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  24.69 
 
 		 243 aa  48.9  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>