126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0585 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 274 aa  568  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  27.35 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  22.35 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.3 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  22.73 
 
 		 265 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  26.91 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  21.82 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  38.1 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  21.82 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  22.38 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  22.54 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  25.42 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.83 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  23.47 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  20.95 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  24.03 
 
 		 251 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.4 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1277  hypothetical protein  22.61 
 
 		 272 aa  65.9  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  20 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  23.47 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  27.19 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 248 aa  62  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  19.74 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  23.81 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  24.89 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.89 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  24.89 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  22.08 
 
 		 269 aa  57  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25.12 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  23 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  25.12 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  23.22 
 
 		 256 aa  54.3  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  26.52 
 
 		 255 aa  53.5  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  21.56 
 
 		 242 aa  53.9  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  29.47 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  22.54 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 257 aa  53.1  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 236 aa  52.4  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  20.77 
 
 		 248 aa  52.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  22.76 
 
 		 238 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 283 aa  51.6  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.96 
 
 		 1055 aa  52  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  24.12 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  17.87 
 
 		 244 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  23.81 
 
 		 632 aa  51.2  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.12 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  22.07 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  22.55 
 
 		 258 aa  50.8  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  22.85 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  21.4 
 
 		 483 aa  49.7  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  24.43 
 
 		 255 aa  49.7  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.97 
 
 		 247 aa  49.3  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.22 
 
 		 264 aa  49.3  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  19.61 
 
 		 259 aa  48.9  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  19.61 
 
 		 259 aa  48.9  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0295  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.39 
 
 		 280 aa  48.1  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  22.18 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  22.18 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.18 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  22.18 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.96 
 
 		 267 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.32 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0308  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.39 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  22.16 
 
 		 285 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.32 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  22.92 
 
 		 268 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  22.92 
 
 		 265 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 252 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  22.68 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.49 
 
 		 912 aa  47.4  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.136005  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  27.37 
 
 		 250 aa  47.4  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.85 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 		 264 aa  47  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  25.76 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  22.16 
 
 		 266 aa  46.6  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  22.68 
 
 		 285 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 		 270 aa  46.2  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 266 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  22.68 
 
 		 266 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  22.16 
 
 		 266 aa  45.4  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  23.08 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  20.59 
 
 		 256 aa  45.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  19.54 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>