More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05952 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  100 
 
 		 272 aa  553  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  91.54 
 
 		 272 aa  522  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  83.33 
 
 		 278 aa  451  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  69.92 
 
 		 266 aa  400  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 		 276 aa  279  4e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  50.96 
 
 		 278 aa  277  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  52.5 
 
 		 273 aa  266  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  48.12 
 
 		 270 aa  265  5.999999999999999e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  50 
 
 		 288 aa  253  3e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  48.79 
 
 		 261 aa  247  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 266 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  35.66 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  35.47 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  35.47 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.46 
 
 		 266 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 		 266 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  33.08 
 
 		 268 aa  159  7e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 265 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  31.2 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 		 272 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  35 
 
 		 272 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  32.22 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.12 
 
 		 265 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  29.6 
 
 		 265 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  30.54 
 
 		 266 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  31 
 
 		 263 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  30.43 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.5 
 
 		 268 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  31.38 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  35.2 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  30.04 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  34.18 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.13 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  30.83 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  30.83 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  29.71 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  30.83 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  28.8 
 
 		 266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 		 280 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 264 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  29.48 
 
 		 266 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.48 
 
 		 266 aa  112  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.48 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.48 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.48 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30.71 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30.71 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  32.2 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  29.13 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  31.8 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  29.92 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  29.92 
 
 		 266 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  28.85 
 
 		 258 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  29.17 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.28 
 
 		 267 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1651  cyclohexadienyl dehydratase precursor  28.19 
 
 		 268 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  29.17 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  29.17 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  29.17 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  28.25 
 
 		 267 aa  106  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.62 
 
 		 256 aa  105  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  41.8 
 
 		 264 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  30.35 
 
 		 258 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  30.67 
 
 		 265 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  28.03 
 
 		 261 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 		 264 aa  102  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.83 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3305  cyclohexadienyl dehydratase  28.57 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.21 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>