More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3417 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 268 aa  540  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  78.36 
 
 		 268 aa  421  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  67.79 
 
 		 275 aa  355  2.9999999999999997e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  57.63 
 
 		 266 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  49.04 
 
 		 275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  51.65 
 
 		 265 aa  241  7e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  50.22 
 
 		 273 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  43.28 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  44.92 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  42.46 
 
 		 263 aa  199  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  43.28 
 
 		 276 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  42.37 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  42.06 
 
 		 265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.6 
 
 		 274 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  39.11 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  40.64 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  40.67 
 
 		 274 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 269 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  39.47 
 
 		 267 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.49 
 
 		 267 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  38.11 
 
 		 267 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  41.47 
 
 		 268 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  38.36 
 
 		 266 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  38.4 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 		 269 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  37.64 
 
 		 274 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.11 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 		 261 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  36.11 
 
 		 268 aa  169  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  37.88 
 
 		 275 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 		 269 aa  169  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.02 
 
 		 261 aa  168  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  38.14 
 
 		 261 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  37.5 
 
 		 275 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  35.71 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  38.56 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  36.44 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  37.55 
 
 		 240 aa  166  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  38.34 
 
 		 260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 		 263 aa  165  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  37.64 
 
 		 263 aa  165  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 		 255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  35.95 
 
 		 263 aa  165  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  37.59 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  38.76 
 
 		 265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 		 261 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  37.02 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.2 
 
 		 262 aa  162  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 		 262 aa  162  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 266 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  37.99 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  36.86 
 
 		 263 aa  159  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.4 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  36.24 
 
 		 266 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 		 265 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  37.34 
 
 		 264 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  32.09 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 		 265 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  32.05 
 
 		 283 aa  131  9e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  29.12 
 
 		 266 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.77 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  32.57 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  33.2 
 
 		 278 aa  125  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.12 
 
 		 285 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.12 
 
 		 266 aa  125  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.83 
 
 		 265 aa  125  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.12 
 
 		 285 aa  125  9e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.74 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.12 
 
 		 266 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.74 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.75 
 
 		 284 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  34.77 
 
 		 271 aa  122  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  34.32 
 
 		 284 aa  122  8e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 		 284 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  32.83 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.13 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  29.71 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  32.14 
 
 		 278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  32.62 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 		 278 aa  119  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  28.99 
 
 		 268 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  27.97 
 
 		 266 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  27.97 
 
 		 266 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  27.97 
 
 		 266 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>