More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0375 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 265 aa  541  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  87.92 
 
 		 266 aa  487  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  87.55 
 
 		 266 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  87.55 
 
 		 266 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  87.17 
 
 		 266 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  84.21 
 
 		 266 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  83.83 
 
 		 266 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  59.59 
 
 		 273 aa  321  7e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  57.2 
 
 		 272 aa  311  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  53.14 
 
 		 273 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  55.56 
 
 		 272 aa  303  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  49.62 
 
 		 268 aa  279  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  48.85 
 
 		 271 aa  272  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  49.06 
 
 		 266 aa  267  2e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  36.63 
 
 		 270 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  36.51 
 
 		 278 aa  169  3e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 		 273 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  36 
 
 		 268 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  35.12 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  40.68 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  32.02 
 
 		 272 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.9 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  32.34 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 250 aa  141  9e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  34.45 
 
 		 246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  32.9 
 
 		 276 aa  139  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.05 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 266 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 		 260 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  30.83 
 
 		 265 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 264 aa  131  9e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  32.16 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2763  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219891  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  31.95 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 		 268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  33.47 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.68 
 
 		 513 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 264 aa  125  9e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 		 260 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.52 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  36.44 
 
 		 246 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.12 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  30.95 
 
 		 260 aa  123  3e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.12 
 
 		 266 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  31.15 
 
 		 271 aa  122  4e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.12 
 
 		 266 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.12 
 
 		 266 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.83 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  34.8 
 
 		 256 aa  120  3e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5997  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 		 262 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.502118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  30.64 
 
 		 501 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  32.76 
 
 		 254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 		 264 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  34.8 
 
 		 256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  32.68 
 
 		 277 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  31.23 
 
 		 265 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.17 
 
 		 266 aa  118  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 		 264 aa  118  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 266 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.17 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.17 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  30.45 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.17 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.17 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.84 
 
 		 264 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  27.78 
 
 		 266 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  30.71 
 
 		 247 aa  117  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  31.35 
 
 		 263 aa  115  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  27.78 
 
 		 266 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1196  amino acid-binding protein  34.82 
 
 		 256 aa  115  6e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.166337  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.37 
 
 		 264 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  29.37 
 
 		 247 aa  115  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 276 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  28.85 
 
 		 266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.52 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30.4 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30.4 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  30.12 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  32.95 
 
 		 278 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  32.95 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  32.43 
 
 		 247 aa  112  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 		 283 aa  112  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0886  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.33 
 
 		 258 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.533017 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.19 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  29.52 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5703  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6067  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.87 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.87 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.33 
 
 		 283 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>