More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2649 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  100 
 
 
269 aa  544  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  54.58 
 
 
281 aa  275  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  52.34 
 
 
256 aa  265  4e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  52.34 
 
 
256 aa  265  5.999999999999999e-70  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1196  amino acid-binding protein  51.56 
 
 
256 aa  258  6e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.166337  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  50 
 
 
254 aa  252  5.000000000000001e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  42.79 
 
 
268 aa  183  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 
271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  39.91 
 
 
273 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  39.92 
 
 
266 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  38.12 
 
 
273 aa  153  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  37.72 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  40.36 
 
 
266 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  38.16 
 
 
272 aa  152  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  37.9 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  37 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 
246 aa  140  3e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  35.14 
 
 
266 aa  138  7.999999999999999e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 
246 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  36.82 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  35 
 
 
268 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  33.94 
 
 
266 aa  129  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  35 
 
 
250 aa  125  7e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  33.48 
 
 
266 aa  125  9e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 
285 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  33.48 
 
 
266 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  33.48 
 
 
266 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  33.48 
 
 
266 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  33.48 
 
 
266 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  33.48 
 
 
285 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 
264 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0859  amino acid ABC transporter permease  32.74 
 
 
990 aa  122  7e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0204986  normal  0.722319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1036  amino acid ABC transporter permease  32.74 
 
 
990 aa  122  7e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.328178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  34.09 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 
264 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 
261 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  33.8 
 
 
255 aa  119  7e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  32.59 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  32.27 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  34.39 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  32.88 
 
 
242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
247 aa  117  3e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 
260 aa  116  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  31.22 
 
 
265 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  35.9 
 
 
238 aa  116  5e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  32.11 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  32.11 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  31.82 
 
 
265 aa  115  8.999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  29.44 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  29.44 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  29.44 
 
 
266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  29.09 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  32.92 
 
 
246 aa  113  3e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  30.4 
 
 
271 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  31.42 
 
 
286 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.76 
 
 
258 aa  112  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2389  extracellular solute-binding protein family 3  32.19 
 
 
260 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.68817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  31.19 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 
243 aa  112  8.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  33.05 
 
 
259 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0609  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.97 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0109579  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.73 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.22 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.22 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.33 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.22 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.22 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  32.74 
 
 
269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.28 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7504  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
256 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11360  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  30.77 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.144563  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.82 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.91 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  32.62 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 
272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 
294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  32.27 
 
 
251 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.03 
 
 
243 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 
284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.78 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 
248 aa  109  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  33.8 
 
 
256 aa  109  5e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.49 
 
 
248 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.2 
 
 
243 aa  108  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>