More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1588 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
260 aa  533  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  69.5 
 
 
258 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  71.43 
 
 
261 aa  355  5.999999999999999e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  68.34 
 
 
257 aa  348  6e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  67.95 
 
 
257 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  62.41 
 
 
268 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  62.11 
 
 
282 aa  332  4e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.93 
 
 
268 aa  331  7.000000000000001e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  63.93 
 
 
268 aa  328  4e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  55.34 
 
 
265 aa  295  5e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.19 
 
 
257 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.19 
 
 
257 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  52.36 
 
 
253 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.93 
 
 
253 aa  251  8.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.93 
 
 
253 aa  251  8.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
253 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  51.93 
 
 
258 aa  249  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  52.36 
 
 
263 aa  239  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  50.2 
 
 
258 aa  235  7e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  50.21 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  49.79 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.37 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.21 
 
 
250 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  50 
 
 
263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  48.37 
 
 
250 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  51.48 
 
 
265 aa  231  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  47.97 
 
 
250 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  48.19 
 
 
254 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  49 
 
 
261 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  48.54 
 
 
250 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.4 
 
 
254 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  50.43 
 
 
250 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  50.43 
 
 
250 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  50.85 
 
 
259 aa  221  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  46.9 
 
 
257 aa  221  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.31 
 
 
255 aa  221  8e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  47.24 
 
 
250 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  47.71 
 
 
259 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  45.37 
 
 
268 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  47.77 
 
 
248 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.95 
 
 
260 aa  218  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.57 
 
 
258 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  49.57 
 
 
259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 
263 aa  215  7e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  46.99 
 
 
261 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  46.59 
 
 
261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  46.18 
 
 
261 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  44.05 
 
 
268 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  46.27 
 
 
258 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1826  arginine/ornithine ABC transporter, periplasmic arginine/ornithine-binding protein  47.67 
 
 
258 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  47.29 
 
 
258 aa  205  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.49 
 
 
257 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1094  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  46.75 
 
 
258 aa  205  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382529  normal  0.0677014 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  46.31 
 
 
256 aa  204  9e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  45.3 
 
 
260 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.42214 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  45.49 
 
 
258 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  44.67 
 
 
255 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  43.04 
 
 
265 aa  203  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  41.63 
 
 
264 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1067  extracellular solute-binding protein family 3  40.69 
 
 
294 aa  201  8e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0464798 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3227  extracellular solute-binding protein  44.96 
 
 
261 aa  201  8e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.355644 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6395  extracellular solute-binding protein family 3  46.46 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.45445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3207  extracellular solute-binding protein  42.64 
 
 
263 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  44.58 
 
 
252 aa  199  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13990  putative amino acid ABC transporter  44.44 
 
 
263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258104  normal  0.0183711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1240  amino acid binding protein  44.44 
 
 
263 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4531  extracellular solute-binding protein family 3  46.02 
 
 
257 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.417135  normal  0.112125 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0073  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.73 
 
 
267 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5447  extracellular solute-binding protein  42.46 
 
 
267 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111655  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4897  extracellular solute-binding protein  43.28 
 
 
267 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.569673 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  42.29 
 
 
257 aa  193  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3780  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.21 
 
 
260 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.219824  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2254  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.7 
 
 
260 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164207  normal  0.105127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5953  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.8 
 
 
260 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203121  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5241  extracellular solute-binding protein  41.5 
 
 
267 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.421239  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5618  extracellular solute-binding protein  41.5 
 
 
267 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138566  normal  0.0848132 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4610  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 
267 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.232439  hitchhiker  0.000666922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 
262 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  42.35 
 
 
258 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4902  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.31 
 
 
260 aa  191  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463911  decreased coverage  0.0000475761 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3685  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.31 
 
 
260 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.304708  normal  0.133024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4522  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  41.31 
 
 
260 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3842  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.31 
 
 
260 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2189  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, periplasmic ligand binding protein  42.8 
 
 
260 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.300771 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3739  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.31 
 
 
260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.40213  normal  0.421075 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  40.42 
 
 
243 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  40.42 
 
 
243 aa  190  2.9999999999999997e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  45.18 
 
 
305 aa  189  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  40.08 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  40.08 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5069  extracellular solute-binding protein family 3  46.43 
 
 
253 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  40.08 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.08 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5565  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.31 
 
 
260 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.857563  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  40.08 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.17 
 
 
243 aa  188  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.68 
 
 
243 aa  186  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  39.68 
 
 
243 aa  186  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41 
 
 
243 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>