More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2251 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
263 aa  535  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  59.47 
 
 
250 aa  285  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  59.47 
 
 
250 aa  285  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  54.29 
 
 
254 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  54.7 
 
 
250 aa  272  3e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  56.9 
 
 
248 aa  269  4e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  53.06 
 
 
254 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  54.39 
 
 
250 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  55.26 
 
 
252 aa  265  8e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.87 
 
 
250 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  53.14 
 
 
250 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  53.14 
 
 
250 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  52.04 
 
 
305 aa  236  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  50.88 
 
 
277 aa  231  8.000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.85 
 
 
250 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  45.41 
 
 
250 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  48.66 
 
 
309 aa  218  7e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  45.41 
 
 
250 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  48.42 
 
 
310 aa  218  1e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.52 
 
 
260 aa  215  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 
260 aa  215  7e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  45.71 
 
 
258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  45.91 
 
 
280 aa  212  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  48.72 
 
 
258 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
250 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  46.61 
 
 
263 aa  207  1e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  47.3 
 
 
261 aa  206  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  48.46 
 
 
264 aa  205  5e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.53 
 
 
268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.34 
 
 
253 aa  199  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 
253 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.34 
 
 
253 aa  199  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  43.55 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  44.03 
 
 
258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  46.98 
 
 
268 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  45.11 
 
 
263 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  44.98 
 
 
261 aa  195  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  42.17 
 
 
265 aa  195  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  44.78 
 
 
266 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.86 
 
 
257 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.93 
 
 
243 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  45.19 
 
 
258 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 
268 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  44.62 
 
 
258 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.42 
 
 
257 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  46.72 
 
 
257 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  43.98 
 
 
268 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  44.89 
 
 
266 aa  192  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  44.35 
 
 
256 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.39 
 
 
282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  45.69 
 
 
268 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  41.74 
 
 
264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  45.95 
 
 
257 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.19 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  42.23 
 
 
255 aa  182  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 
248 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.42 
 
 
244 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.29 
 
 
243 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.61 
 
 
243 aa  178  9e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.76 
 
 
258 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2784  extracellular solute-binding protein  38.11 
 
 
279 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.735869  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.31 
 
 
244 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.59 
 
 
243 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.04 
 
 
243 aa  175  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  42.04 
 
 
243 aa  175  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  42.04 
 
 
243 aa  175  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0335  extracellular solute-binding protein  39.09 
 
 
245 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.04 
 
 
243 aa  175  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.98 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  41.67 
 
 
265 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  40.97 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.23 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  40.97 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  39.33 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  39.33 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.84 
 
 
258 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  42.04 
 
 
269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  39.33 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.83 
 
 
243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6800  extracellular solute-binding protein  38.34 
 
 
259 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.8606  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.23 
 
 
243 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  41.59 
 
 
269 aa  172  6.999999999999999e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4286  extracellular solute-binding protein  37.94 
 
 
259 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0413144  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  39.77 
 
 
257 aa  171  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  39.74 
 
 
259 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7393  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  39.47 
 
 
261 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.952149  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  40 
 
 
259 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.23 
 
 
243 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  41.23 
 
 
243 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  41.23 
 
 
243 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5463  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.73 
 
 
257 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4841  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 
259 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.608491  normal  0.182351 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.23 
 
 
243 aa  169  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2378  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic-binding protein  36.73 
 
 
257 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669572  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6395  extracellular solute-binding protein family 3  39.3 
 
 
257 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.45445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  38.19 
 
 
259 aa  168  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.79 
 
 
243 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  40.79 
 
 
243 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  40.79 
 
 
243 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>