More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4270 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
250 aa  507  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  82.4 
 
 
250 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  82.4 
 
 
250 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  76.4 
 
 
248 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  74.7 
 
 
250 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  74 
 
 
250 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  73.6 
 
 
250 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  72.8 
 
 
250 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.2 
 
 
254 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  70.2 
 
 
254 aa  362  4e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  54.1 
 
 
263 aa  278  5e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  56.84 
 
 
252 aa  263  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  48.18 
 
 
260 aa  228  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  53.28 
 
 
258 aa  228  7e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  48.88 
 
 
310 aa  226  2e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  47.98 
 
 
309 aa  223  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  49.42 
 
 
257 aa  221  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  49.18 
 
 
257 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  46.22 
 
 
253 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  47.58 
 
 
305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  48.64 
 
 
277 aa  215  5e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  49.35 
 
 
261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.53 
 
 
257 aa  210  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.53 
 
 
257 aa  209  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.46 
 
 
250 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  46.46 
 
 
250 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  45.61 
 
 
250 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  45.1 
 
 
257 aa  207  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  45.82 
 
 
258 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  45.02 
 
 
253 aa  205  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  43.24 
 
 
263 aa  204  9e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  44.71 
 
 
258 aa  203  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.91 
 
 
260 aa  202  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  46.19 
 
 
266 aa  201  7e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  44.94 
 
 
263 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.18 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.18 
 
 
253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  45.88 
 
 
258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  43.86 
 
 
250 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  46.22 
 
 
280 aa  199  3e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.04 
 
 
268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  45.02 
 
 
258 aa  198  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  46.15 
 
 
266 aa  198  7.999999999999999e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  48.48 
 
 
268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.02 
 
 
282 aa  196  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  46.75 
 
 
261 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  44.8 
 
 
264 aa  194  9e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  44.62 
 
 
268 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 
265 aa  193  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  44.3 
 
 
259 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 
257 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  43.88 
 
 
259 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.75 
 
 
257 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.85 
 
 
243 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.85 
 
 
243 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.85 
 
 
243 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.85 
 
 
243 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.85 
 
 
243 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  42.02 
 
 
259 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  44.31 
 
 
243 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  44.31 
 
 
243 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  44.31 
 
 
243 aa  187  9e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.31 
 
 
243 aa  187  9e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  44.31 
 
 
243 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  44.31 
 
 
243 aa  187  9e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.9 
 
 
243 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.83 
 
 
261 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.9 
 
 
243 aa  186  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  45.65 
 
 
258 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  41.04 
 
 
258 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  43.9 
 
 
243 aa  186  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.75 
 
 
261 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 
264 aa  185  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1094  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.34 
 
 
258 aa  185  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382529  normal  0.0677014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1826  arginine/ornithine ABC transporter, periplasmic arginine/ornithine-binding protein  43.53 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.4 
 
 
261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.9 
 
 
243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  40.89 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6800  extracellular solute-binding protein  40.31 
 
 
259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.8606  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.5 
 
 
243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13990  putative amino acid ABC transporter  43.1 
 
 
263 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258104  normal  0.0183711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.67 
 
 
243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  45.22 
 
 
256 aa  183  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  42.75 
 
 
258 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  43.9 
 
 
243 aa  182  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4286  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 
259 aa  181  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0413144  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  42.68 
 
 
243 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  42.68 
 
 
243 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1240  amino acid binding protein  42.68 
 
 
263 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.24 
 
 
255 aa  181  1e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  40.17 
 
 
269 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.91 
 
 
243 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4841  extracellular solute-binding protein  38.76 
 
 
259 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.608491  normal  0.182351 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  41.28 
 
 
261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  39.74 
 
 
269 aa  179  4e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5463  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.16 
 
 
257 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 
261 aa  179  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.17 
 
 
249 aa  177  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.65 
 
 
243 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.51 
 
 
244 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>