More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5358 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  91.34 
 
 
254 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  73.91 
 
 
248 aa  387  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  73.62 
 
 
250 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  74.41 
 
 
250 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  74.02 
 
 
250 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  75.29 
 
 
250 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  72.55 
 
 
250 aa  357  7e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  72.55 
 
 
250 aa  357  7e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  70.2 
 
 
250 aa  352  5e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  53.06 
 
 
263 aa  267  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  50.21 
 
 
252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
305 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  46.93 
 
 
309 aa  223  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  46.4 
 
 
260 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  46.93 
 
 
310 aa  223  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  47.52 
 
 
258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  47.44 
 
 
277 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  47.21 
 
 
261 aa  211  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  44.49 
 
 
258 aa  205  6e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.97 
 
 
257 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.97 
 
 
257 aa  199  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  43.43 
 
 
250 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.97 
 
 
250 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  43.97 
 
 
250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  46.8 
 
 
257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  41.41 
 
 
263 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  43.97 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  46.8 
 
 
257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.77 
 
 
268 aa  195  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  42.67 
 
 
253 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  41.57 
 
 
264 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  42.39 
 
 
280 aa  193  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  45.89 
 
 
268 aa  192  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
265 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  43.14 
 
 
253 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.78 
 
 
253 aa  188  8e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.78 
 
 
253 aa  188  8e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  42.26 
 
 
268 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  40.15 
 
 
257 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.72 
 
 
282 aa  185  5e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  40.43 
 
 
266 aa  185  6e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  42.15 
 
 
259 aa  185  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.38 
 
 
261 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.32 
 
 
255 aa  184  8e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6800  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 
259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.8606  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.77 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  38.28 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.64 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  40.77 
 
 
261 aa  181  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  40.43 
 
 
264 aa  181  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
261 aa  180  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4286  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 
259 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0413144  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.84 
 
 
258 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  38.7 
 
 
259 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  41.15 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  41.39 
 
 
265 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  41 
 
 
257 aa  179  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  38.31 
 
 
259 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4841  extracellular solute-binding protein  38.78 
 
 
259 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.608491  normal  0.182351 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  42.53 
 
 
263 aa  177  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.85 
 
 
261 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.71 
 
 
243 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.71 
 
 
243 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.71 
 
 
243 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.71 
 
 
243 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.71 
 
 
243 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.85 
 
 
261 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.85 
 
 
261 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.71 
 
 
243 aa  175  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1826  arginine/ornithine ABC transporter, periplasmic arginine/ornithine-binding protein  40.54 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5463  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.4 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.15 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  40.54 
 
 
265 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  38.31 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.31 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2378  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic-binding protein  36.02 
 
 
257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669572  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.31 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  38.31 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  38.31 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13990  putative amino acid ABC transporter  40.26 
 
 
263 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258104  normal  0.0183711 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.9 
 
 
243 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  37.75 
 
 
243 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2469  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.93 
 
 
256 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.571347 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.2 
 
 
243 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.6 
 
 
243 aa  169  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1240  amino acid binding protein  39.57 
 
 
263 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02235  lysine/arginine/ornithine transporter subunit  39.84 
 
 
260 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1346  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.84 
 
 
260 aa  169  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00101458  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  39 
 
 
258 aa  169  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1342  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.84 
 
 
260 aa  169  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.232393  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02195  hypothetical protein  39.84 
 
 
260 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2604  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.84 
 
 
260 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2460  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.84 
 
 
260 aa  169  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.38 
 
 
260 aa  169  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.43 
 
 
243 aa  168  6e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1566  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.17 
 
 
264 aa  168  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  38.25 
 
 
243 aa  168  8e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  38.25 
 
 
243 aa  168  8e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>