More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4410 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
251 aa  510  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  93.23 
 
 
251 aa  481  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  67.33 
 
 
252 aa  345  4e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  64.68 
 
 
247 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  67.83 
 
 
249 aa  325  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  63.56 
 
 
246 aa  319  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  70.45 
 
 
254 aa  319  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  69.09 
 
 
254 aa  315  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  62.34 
 
 
246 aa  302  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.89 
 
 
248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.89 
 
 
248 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.89 
 
 
248 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.89 
 
 
248 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.89 
 
 
248 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.53 
 
 
248 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.98 
 
 
247 aa  159  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.5 
 
 
248 aa  157  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.98 
 
 
247 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  37.11 
 
 
260 aa  156  3e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.65 
 
 
248 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40.61 
 
 
247 aa  153  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40.61 
 
 
247 aa  153  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.51 
 
 
247 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.25 
 
 
248 aa  153  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.08 
 
 
253 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.18 
 
 
252 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.5 
 
 
248 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.05 
 
 
248 aa  149  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
260 aa  148  9e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.11 
 
 
248 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39 
 
 
243 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.07 
 
 
250 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 
264 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  37.11 
 
 
260 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.08 
 
 
250 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.07 
 
 
250 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  38.87 
 
 
245 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.28 
 
 
248 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  38.87 
 
 
245 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.82 
 
 
513 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  39.67 
 
 
243 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  38.39 
 
 
257 aa  142  6e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  39.67 
 
 
243 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  39.67 
 
 
243 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.66 
 
 
250 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.99 
 
 
250 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.99 
 
 
250 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.66 
 
 
250 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.66 
 
 
250 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.66 
 
 
250 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.51 
 
 
244 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.53 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  36.36 
 
 
265 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  35.91 
 
 
271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.17 
 
 
243 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  39.55 
 
 
246 aa  139  6e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 
249 aa  139  6e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  36.15 
 
 
260 aa  138  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.53 
 
 
250 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  34.41 
 
 
254 aa  138  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  39.73 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  35.14 
 
 
265 aa  137  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.48 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36 
 
 
244 aa  135  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.36 
 
 
243 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  35.48 
 
 
243 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.48 
 
 
243 aa  135  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.48 
 
 
243 aa  135  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.48 
 
 
243 aa  135  8e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  35.48 
 
 
243 aa  135  8e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.48 
 
 
243 aa  135  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  38.36 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  37.79 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  36.36 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  36.36 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  37.73 
 
 
281 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  36.36 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 
284 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  34.39 
 
 
263 aa  133  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  34.08 
 
 
281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  35.16 
 
 
263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.27 
 
 
243 aa  131  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  32.67 
 
 
310 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0343212 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.51 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.51 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 
250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.51 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.51 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  36.51 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>