More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3010 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
294 aa  595  1e-169  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11360  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  60.32 
 
 
290 aa  297  2e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.144563  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  39.43 
 
 
272 aa  189  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  38.46 
 
 
282 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0861  extracellular solute-binding protein family 3  41.13 
 
 
257 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  37.59 
 
 
287 aa  172  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  39.22 
 
 
271 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24310  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  36.03 
 
 
264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268105  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2829  extracellular solute-binding protein family 3  41.09 
 
 
266 aa  162  6e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479003 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0592  extracellular solute-binding protein family 3  32.74 
 
 
272 aa  158  9e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3134  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 
267 aa  155  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18700  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  37.28 
 
 
273 aa  154  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.7204  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0961  extracellular solute-binding protein family 3  37.07 
 
 
258 aa  154  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.611577  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1402  extracellular solute-binding protein family 3  38.89 
 
 
261 aa  150  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16775  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  39.11 
 
 
281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0683  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 
279 aa  145  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.732102  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  34.41 
 
 
267 aa  143  4e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  37.5 
 
 
257 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.56 
 
 
248 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  33.45 
 
 
283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 
270 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.28 
 
 
248 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 
252 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  35.22 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.84 
 
 
247 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  37.17 
 
 
247 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.84 
 
 
247 aa  128  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
248 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  31.5 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.78 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 
285 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  36.32 
 
 
286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  34.51 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.11 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  39.01 
 
 
268 aa  125  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.21 
 
 
248 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.96 
 
 
248 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0903  extracellular solute-binding protein family 3  34.16 
 
 
307 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.94 
 
 
251 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  33.45 
 
 
283 aa  123  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.96 
 
 
248 aa  123  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
252 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  30.96 
 
 
271 aa  122  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  34.96 
 
 
248 aa  122  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.91 
 
 
247 aa  122  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 
264 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  33.08 
 
 
260 aa  122  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.91 
 
 
247 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  36.7 
 
 
222 aa  121  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  33.91 
 
 
247 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.68 
 
 
260 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  34.27 
 
 
247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  32.38 
 
 
263 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  35.43 
 
 
251 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
247 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.48 
 
 
243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  34.64 
 
 
269 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.86 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 
265 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0125  extracellular solute-binding protein family 3  31.43 
 
 
270 aa  119  7e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 
260 aa  119  9e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
249 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  33.95 
 
 
273 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.04 
 
 
243 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.33 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
245 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.15 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.15 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.15 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.15 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.15 
 
 
243 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  33.18 
 
 
248 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1240  amino acid binding protein  31.25 
 
 
263 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  33.7 
 
 
281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  30.66 
 
 
246 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  32.57 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  31.88 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  27.74 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  32.06 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.36 
 
 
258 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0208  basic amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.62 
 
 
255 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 
255 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.39 
 
 
490 aa  113  3e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>