More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3166 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 242 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  80.36 
 
 		 244 aa  384  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  81.25 
 
 		 244 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  80.8 
 
 		 244 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  80.8 
 
 		 244 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  80.8 
 
 		 244 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  80.8 
 
 		 244 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  80.36 
 
 		 244 aa  384  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  74.69 
 
 		 245 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  75.92 
 
 		 245 aa  383  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  80.36 
 
 		 244 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  77.83 
 
 		 250 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  43.51 
 
 		 247 aa  189  5e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 250 aa  174  8e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  42.98 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  43.5 
 
 		 246 aa  168  8e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  40.84 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  40.81 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  37.94 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.28 
 
 		 490 aa  160  2e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0928  extracellular solute-binding protein family 3  39.82 
 
 		 254 aa  159  4e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  39.91 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 		 264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  38.96 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.04 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.04 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2452  extracellular solute-binding protein family 3  37.39 
 
 		 259 aa  149  3e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  38.59 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.65 
 
 		 259 aa  148  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.65 
 
 		 259 aa  148  7e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.65 
 
 		 259 aa  148  7e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.65 
 
 		 259 aa  148  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.65 
 
 		 259 aa  148  7e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 259 aa  148  8e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.04 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.25 
 
 		 260 aa  145  5e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  37.82 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34.25 
 
 		 259 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.96 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  41.89 
 
 		 246 aa  142  5e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.01 
 
 		 494 aa  142  6e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.233096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  36.36 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1566  extracellular solute-binding protein family 3  36.53 
 
 		 253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  37.96 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 260 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  39.19 
 
 		 273 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.22 
 
 		 243 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  38.71 
 
 		 256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  32.94 
 
 		 263 aa  136  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  34.11 
 
 		 260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  33.73 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.03 
 
 		 513 aa  134  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  37.1 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.18 
 
 		 485 aa  133  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.18 
 
 		 485 aa  133  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  36 
 
 		 251 aa  132  3.9999999999999996e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.51 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  36.44 
 
 		 485 aa  132  5e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2589  extracellular solute-binding protein family 3  33.9 
 
 		 268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 258 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.93 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1277  cjaC protein  35.22 
 
 		 251 aa  130  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.953147  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  35.6 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.68 
 
 		 253 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 252 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0544  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  36.91 
 
 		 501 aa  127  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0576109  unclonable  7.662799999999999e-28 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  33.72 
 
 		 285 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 		 260 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.65 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  32.65 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.65 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 286 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  32.65 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.65 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.65 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.65 
 
 		 243 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 		 292 aa  125  5e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.03 
 
 		 249 aa  125  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0655  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  34.67 
 
 		 490 aa  125  6e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00122809  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.19 
 
 		 250 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.19 
 
 		 250 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 		 247 aa  125  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  35.17 
 
 		 246 aa  125  7e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  32.24 
 
 		 258 aa  125  8.000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  33.94 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  34.93 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  37.44 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.74 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.19 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0567  amino acid ABC transporter  34.66 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>