More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3442 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
285 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  77.49 
 
 
283 aa  409  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  80.88 
 
 
286 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  72.53 
 
 
285 aa  391  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  47.64 
 
 
255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0824  extracellular solute-binding protein  48.91 
 
 
256 aa  229  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  46.49 
 
 
255 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3355  extracellular solute-binding protein family 3  46.37 
 
 
261 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  47.56 
 
 
252 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3512  extracellular solute-binding protein family 3  46.86 
 
 
256 aa  223  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.249774  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  46.09 
 
 
273 aa  196  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  41.96 
 
 
257 aa  169  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  36.78 
 
 
263 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 
260 aa  163  3e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 
250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  37.16 
 
 
271 aa  161  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.1 
 
 
260 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  38.53 
 
 
247 aa  157  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  37.89 
 
 
284 aa  156  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  40.18 
 
 
257 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 
268 aa  155  6e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  36.08 
 
 
269 aa  155  7e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.35 
 
 
251 aa  155  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  35.18 
 
 
265 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  38.65 
 
 
264 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 
264 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 
260 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  39.47 
 
 
271 aa  152  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40 
 
 
260 aa  152  5e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.56 
 
 
513 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  39.91 
 
 
248 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  39.91 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  39.91 
 
 
281 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 
260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  35.21 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  36.55 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 
246 aa  145  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 
295 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  37.69 
 
 
266 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 
246 aa  143  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1345  extracellular solute-binding protein family 3  36.84 
 
 
244 aa  143  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.706269 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  37.23 
 
 
501 aa  142  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  38.43 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  36.06 
 
 
270 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  33.04 
 
 
247 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 
276 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  32.83 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  36 
 
 
266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 
254 aa  138  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  34.93 
 
 
244 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 
247 aa  137  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.42 
 
 
243 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  37.84 
 
 
272 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 
267 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 
262 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  35 
 
 
243 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35 
 
 
243 aa  136  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35 
 
 
243 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35 
 
 
243 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35 
 
 
243 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  35 
 
 
243 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  34.39 
 
 
264 aa  135  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 
255 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  33.77 
 
 
736 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1824  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0824863  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  33.48 
 
 
727 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.78 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  36.32 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  35.07 
 
 
282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  34.35 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  33.18 
 
 
264 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 
266 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.83 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.83 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3928  extracellular solute-binding protein family 3  35.43 
 
 
265 aa  132  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.259325  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.83 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.83 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  33.91 
 
 
243 aa  132  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
266 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 
266 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
266 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.83 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 
268 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 
242 aa  132  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.16 
 
 
266 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.91 
 
 
257 aa  132  9e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2829  extracellular solute-binding protein family 3  33.86 
 
 
266 aa  132  9e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479003 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 
243 aa  132  9e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.91 
 
 
257 aa  132  9e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  33.92 
 
 
287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  33.85 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2306  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000079937  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 
257 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.21 
 
 
493 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3387  extracellular solute-binding protein family 3  38.92 
 
 
195 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 
270 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.6 
 
 
266 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>