More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1930 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
248 aa  494  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  96.77 
 
 
248 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.49 
 
 
251 aa  363  1e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  58.16 
 
 
246 aa  282  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1824  extracellular solute-binding protein  60.71 
 
 
246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0824863  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2306  extracellular solute-binding protein  51.06 
 
 
246 aa  248  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000079937  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1345  extracellular solute-binding protein family 3  51.72 
 
 
244 aa  245  4e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.706269 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  49.16 
 
 
247 aa  230  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  45.64 
 
 
247 aa  227  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  45.49 
 
 
246 aa  209  4e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.98 
 
 
260 aa  198  7.999999999999999e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  46.43 
 
 
260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  44.14 
 
 
257 aa  192  3e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  39.91 
 
 
257 aa  158  9e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  41.71 
 
 
285 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 
283 aa  155  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  32.54 
 
 
266 aa  153  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  34.84 
 
 
266 aa  153  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  34.84 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  34.84 
 
 
285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  34.84 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  34.84 
 
 
266 aa  152  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  34.84 
 
 
285 aa  152  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 
260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
260 aa  151  1e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  32.14 
 
 
266 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  32.54 
 
 
266 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  32.54 
 
 
266 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 
285 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  34.84 
 
 
265 aa  148  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  37.44 
 
 
269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  31.75 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  35.86 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  31.75 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  31.75 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  36.2 
 
 
268 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  36.99 
 
 
277 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 
255 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  33.46 
 
 
266 aa  141  9e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  37.9 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  38.77 
 
 
264 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.18 
 
 
256 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  32.27 
 
 
265 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  34.91 
 
 
263 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  136  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 
286 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  32.13 
 
 
266 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 
281 aa  135  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.88 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  33.19 
 
 
501 aa  133  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  37.9 
 
 
284 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.54 
 
 
513 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  34.47 
 
 
264 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
250 aa  131  9e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0824  extracellular solute-binding protein  36.04 
 
 
256 aa  131  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 
264 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  34.47 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.71 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  34.47 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  34.47 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  32.81 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.97 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 
243 aa  129  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3512  extracellular solute-binding protein family 3  34.02 
 
 
256 aa  129  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.249774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 
252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  35.08 
 
 
243 aa  128  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  35.08 
 
 
243 aa  128  7.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.08 
 
 
243 aa  128  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.26 
 
 
243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  33.86 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  31.62 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2763  extracellular solute-binding protein  33.87 
 
 
248 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219891  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  33.07 
 
 
271 aa  126  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3355  extracellular solute-binding protein family 3  32.35 
 
 
261 aa  126  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.57 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  32.22 
 
 
246 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  33.75 
 
 
250 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.43 
 
 
243 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.43 
 
 
243 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.43 
 
 
243 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 
265 aa  125  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.43 
 
 
245 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  34.96 
 
 
273 aa  125  7e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.43 
 
 
245 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  35.04 
 
 
249 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  33.86 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  33.86 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.86 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.75 
 
 
250 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  33.86 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  33.86 
 
 
243 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  33.86 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4769  arginine-binding periplasmic protein 2  31.8 
 
 
246 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.129317  normal  0.0665997 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4712  arginine-binding periplasmic protein 2  31.8 
 
 
246 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00168872  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
295 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>