More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2603 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 262 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  66.1 
 
 		 261 aa  339  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  53.1 
 
 		 258 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.08 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  39.68 
 
 		 266 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  38.87 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  38.87 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  37.97 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 		 270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.02 
 
 		 264 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.6 
 
 		 267 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  38.26 
 
 		 265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.64 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  37.02 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.02 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  37.02 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.02 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  36.64 
 
 		 264 aa  165  8e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.64 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  34.98 
 
 		 264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  35.57 
 
 		 266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.26 
 
 		 264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.94 
 
 		 266 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  38.86 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  37.69 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  36.17 
 
 		 266 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  36.5 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  37.39 
 
 		 264 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  37.39 
 
 		 264 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  37.7 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  34.73 
 
 		 268 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 266 aa  153  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  36.55 
 
 		 264 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  35.16 
 
 		 266 aa  152  4e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  38.2 
 
 		 257 aa  151  8e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  33.46 
 
 		 265 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  38.7 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  35.74 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  35.74 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  35.74 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  36.19 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  36.8 
 
 		 264 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.63 
 
 		 266 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.7 
 
 		 264 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  36.58 
 
 		 266 aa  149  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  36.29 
 
 		 266 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  35.8 
 
 		 285 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  36.19 
 
 		 266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  35.38 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  36.19 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.4 
 
 		 264 aa  145  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.71 
 
 		 320 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.71 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  36.71 
 
 		 266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 		 264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.74 
 
 		 260 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  34.1 
 
 		 256 aa  145  9e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  35.85 
 
 		 258 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  35.41 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 260 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  35.41 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  35.02 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  35 
 
 		 255 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  35.02 
 
 		 266 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1432  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.43 
 
 		 260 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.897061 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.14 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  34.16 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.14 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.76 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  35.27 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  35.02 
 
 		 266 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  35.02 
 
 		 266 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  35.02 
 
 		 266 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  34.16 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.64 
 
 		 257 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  34.16 
 
 		 256 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.56 
 
 		 264 aa  141  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 284 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  37.76 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  35.47 
 
 		 266 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  34.5 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>