More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3760 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
245 aa  497  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  85.71 
 
 
245 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  75.92 
 
 
242 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  79.46 
 
 
244 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  79.46 
 
 
244 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  78.12 
 
 
244 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  78.57 
 
 
244 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  79.02 
 
 
244 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  77.23 
 
 
244 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  77.23 
 
 
244 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  75.89 
 
 
244 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  76.96 
 
 
250 aa  358  3e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  45.38 
 
 
247 aa  193  2e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  45.74 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 
246 aa  172  5e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 
250 aa  168  9e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.09 
 
 
490 aa  164  9e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0928  extracellular solute-binding protein family 3  40.91 
 
 
254 aa  164  9e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  41.44 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  40.32 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 
247 aa  161  9e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 
260 aa  159  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  40.64 
 
 
264 aa  156  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  38.21 
 
 
264 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  38.8 
 
 
268 aa  153  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  36.1 
 
 
259 aa  149  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.83 
 
 
259 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.96 
 
 
260 aa  149  4e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 
260 aa  149  4e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.93 
 
 
259 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  36.93 
 
 
259 aa  149  5e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.93 
 
 
259 aa  149  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.93 
 
 
259 aa  149  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  36.93 
 
 
259 aa  149  5e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  36.51 
 
 
259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  42.34 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  39.74 
 
 
242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  38.46 
 
 
259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  37.25 
 
 
244 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  37.5 
 
 
263 aa  142  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  36.69 
 
 
260 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2452  extracellular solute-binding protein family 3  36.04 
 
 
259 aa  140  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.29 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  33.96 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  35.98 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.28 
 
 
513 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  40.74 
 
 
284 aa  137  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  38.53 
 
 
238 aa  137  2e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.49 
 
 
494 aa  136  3.0000000000000003e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.233096  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1566  extracellular solute-binding protein family 3  38.46 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  36 
 
 
243 aa  135  7.000000000000001e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.63 
 
 
250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.63 
 
 
250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  36.15 
 
 
256 aa  133  3e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  37.67 
 
 
273 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  36.47 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.56 
 
 
250 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35 
 
 
253 aa  131  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 
260 aa  131  9e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  35.46 
 
 
251 aa  130  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.22 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.59 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  35.94 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  33.2 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.92 
 
 
243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  35.06 
 
 
251 aa  129  5.0000000000000004e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 
283 aa  128  7.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 
260 aa  128  9.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  37.5 
 
 
244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1277  cjaC protein  35.06 
 
 
251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.953147  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  35.34 
 
 
501 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  32.4 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  37.5 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  33.6 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  31.76 
 
 
278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.65 
 
 
250 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.65 
 
 
250 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.65 
 
 
250 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  35.75 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1259  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 
295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2589  extracellular solute-binding protein family 3  34.25 
 
 
268 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 
246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 
255 aa  125  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1863  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
292 aa  125  5e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  35.81 
 
 
243 aa  125  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.81 
 
 
243 aa  125  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.81 
 
 
243 aa  125  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.81 
 
 
243 aa  125  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.81 
 
 
243 aa  125  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  35.81 
 
 
243 aa  125  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  35.81 
 
 
243 aa  125  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.52 
 
 
493 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  34.17 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1692  extracellular solute-binding protein family 3  32.68 
 
 
258 aa  124  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.350495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.63 
 
 
243 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
285 aa  123  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>