More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0904 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  100 
 
 
254 aa  507  1e-143  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  64.45 
 
 
256 aa  348  5e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  64.45 
 
 
256 aa  348  6e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1196  amino acid-binding protein  62.5 
 
 
256 aa  335  3.9999999999999995e-91  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.166337  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  49.37 
 
 
281 aa  259  3e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  47.67 
 
 
269 aa  255  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 
268 aa  162  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  34.21 
 
 
268 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 
246 aa  127  3e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 
264 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 
250 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.52 
 
 
250 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
250 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 
243 aa  121  8e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 
271 aa  122  8e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  32.31 
 
 
273 aa  119  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 
265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
265 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  31.86 
 
 
266 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  31.86 
 
 
266 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.83 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  29.58 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
266 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
266 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  31.4 
 
 
266 aa  117  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  33.03 
 
 
255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.7 
 
 
266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  30.84 
 
 
272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
264 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  31.22 
 
 
266 aa  115  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
266 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.02 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.12 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.02 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.02 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 
272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.02 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  31 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 
260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.42214 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.2 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.61 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  30.6 
 
 
264 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  30.22 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  28.51 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  30.53 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3903  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.754855  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  30.6 
 
 
264 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
250 aa  110  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  30.6 
 
 
264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  30.43 
 
 
264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  26.92 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  30.51 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  26.29 
 
 
244 aa  108  6e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.42 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.74 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  27.43 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  30.24 
 
 
257 aa  108  8.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.74 
 
 
248 aa  108  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.7 
 
 
265 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
250 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.74 
 
 
248 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 
242 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
250 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0434  arginine-binding periplasmic protein 1  32.93 
 
 
246 aa  107  3e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  28.76 
 
 
263 aa  106  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  33.33 
 
 
238 aa  106  3e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.98 
 
 
258 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  26.36 
 
 
285 aa  106  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  30.26 
 
 
246 aa  106  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 
245 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
254 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
277 aa  105  5e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2548  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
249 aa  105  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.163495  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  26.36 
 
 
266 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.8 
 
 
490 aa  105  6e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
267 aa  105  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 
255 aa  105  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>