More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4898 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 266 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  99.25 
 
 		 266 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  99.62 
 
 		 266 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  95.86 
 
 		 266 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  87.55 
 
 		 265 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  82.71 
 
 		 266 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  82.33 
 
 		 266 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  53.85 
 
 		 273 aa  317  1e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  56.73 
 
 		 273 aa  310  1e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  54.73 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  52.42 
 
 		 272 aa  297  1e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  50.56 
 
 		 271 aa  281  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  48.33 
 
 		 268 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  47.19 
 
 		 266 aa  263  2e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  38.68 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  37 
 
 		 278 aa  178  9e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  36.6 
 
 		 273 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  35.27 
 
 		 261 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 268 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  34.17 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  35.69 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  34.89 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  37.7 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.03 
 
 		 278 aa  142  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.33 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 250 aa  140  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 		 246 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  34.44 
 
 		 246 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 260 aa  132  6e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 		 266 aa  131  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  31.37 
 
 		 265 aa  131  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  34.84 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 247 aa  129  6e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1835  extracellular solute-binding protein family 3  31.12 
 
 		 262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0545252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  31.23 
 
 		 260 aa  126  3e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.12 
 
 		 264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 		 277 aa  125  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 		 260 aa  125  5e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.23 
 
 		 513 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  35.11 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3796  extracellular solute-binding protein family 3  30.04 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0150584  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.59 
 
 		 266 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 		 264 aa  122  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.44 
 
 		 265 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0836  amino acid-binding protein  35.04 
 
 		 256 aa  122  6e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.462057  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0906  amino acid-binding protein  35.04 
 
 		 256 aa  122  7e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  32.23 
 
 		 266 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  29.92 
 
 		 266 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2763  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219891  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  29.92 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  29.92 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  29.92 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.95 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  31.27 
 
 		 268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.08 
 
 		 263 aa  119  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  32.46 
 
 		 264 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 264 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 264 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5997  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 262 aa  118  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.502118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.98 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0904  glutamine-binding periplasmic protein  31.7 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.207514  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  31.35 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.91 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  29.49 
 
 		 501 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 257 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1196  amino acid-binding protein  33.92 
 
 		 256 aa  117  3e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.166337  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  30.56 
 
 		 264 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  32.02 
 
 		 264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  32.02 
 
 		 264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 264 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 264 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  28.85 
 
 		 266 aa  115  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 264 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.85 
 
 		 285 aa  115  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  30.67 
 
 		 268 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.46 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  30.22 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.85 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  29.64 
 
 		 266 aa  115  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  32.53 
 
 		 252 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 		 252 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  28.17 
 
 		 266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.7 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  28.46 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.7 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  28.46 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  31.2 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>